其他(Love波表面声波生物传感器) 2009

Kinetic binding analysis of aptamers targeting HIV-1 proteins by a combination of a microbalance array and mass spectrometry (MAMS).

Journal of proteome research Gronewold TM, Baumgartner A, Hierer J, Sierra S, Blind M, Schäfer F, Blümer J, Tillmann T, Kiwitz A, Kaiser R, Zabe-Kühn M, Quandt E, Famulok M
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组成图示

Kinetic binding analysis of aptamers ... 传感器构成示意图

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传感器类型

其他(Love波表面声波生物传感器)

检测对象

HIV-1 gp120 V3环(V3-GST融合蛋白)、HIV-1逆转录酶(HIV-1 RT,948-2株);样品基质为纯化蛋白溶液及粗蛋白混合物(含弹性蛋白酶、凝血酶、溶菌酶、≤10% FCS)。

检测原理

生物素化RNA适配体经链霉亲和素固定于Love波SAW芯片表面。当溶液中的HIV-1 gp120 V3-GST或HIV-1 RT流过芯片时,与适配体特异性结合,使界面质量和黏弹性增加,导致Love波相位与振幅发生可逆变化。通过连续记录结合/解离曲线,按单分子增长和指数衰减模型拟合kobs,再对kobs-浓度线性回归获得kon、koff和KD。结合后芯片可取下,表面蛋白经TCEP还原、IAA烷基化,并用LysC或胰蛋白酶消化;肽段以HCCA为基质进行MALDI-ToF MS的PMF或PSD分析,数据库匹配实现蛋白鉴定。方法无外源信号放大,但适配体预富集与MS鉴定共同提高复杂样品中的选择性和可靠性。

检测灵敏度

线性范围: 10–1000 nM (V3)、40–750 nM (RT);传感器灵敏度: 515 [deg cm2 ng-1];R > 0.998;Fraction of Variance R2 > 0.95

效应效果

S68B-C5芯片非特异结合低:500 nM弹性蛋白酶、凝血酶、溶菌酶信号为-0.7°(-39%)、0.17°(9.5%)、0.08°(4.4%),V3为1.8°(100%)。芯片KD与溶液法一致:S66A-C6 406 nM对402 nM(>99%),S68B-C5 791 nM对1.2 µM(64%),S69A-C15 555 nM对135 nM(24%)。信号重复性较好(15.5±0.6°、12.7±0.5°、11.6±0.9°、6.3±0.24°),0.1 N NaOH可再生。MALDI-ToF MS鉴定RT得分89–244、p<0.05、覆盖10–46%;V3-GST覆盖44%,纯化样品直接鉴定,粗混合物经GST间接鉴定。MAMS可减少假阳性并实现实时定量动力学分析。

传感器的构成

  • 基底/换能器:ST-cut石英Love波SAW芯片,含薄金膜与SAW读取器,提供压电换能并实时记录相位/振幅。
  • 自组装单分子层:11-巯基十一烷醇(MUA)在金膜上形成SAM,为后续功能化提供锚定界面。
  • 功能化水凝胶层:羧甲基化葡聚糖(CMD)层,提供羧基用于EDC/NHS活化后共价固定链霉亲和素。
  • 固定层:链霉亲和素S888,通过酰胺键连接于CMD,捕获5′-生物素化适配体。
  • 识别元件:生物素化RNA适配体S66A-C6、S68B-C5或S69A-C15,特异性结合HIV-1 gp120 V3-GST或HIV-1 RT。
  • 封闭/缓冲:1 M乙醇胺淬灭未反应NHS酯;PBS+3 mM MgCl2+1 mg/mL BSA运行缓冲液,降低非特异结合。
  • 信号读出/鉴定:无标记SAW质量/黏弹性响应;芯片取下后用HCCA基质、LysC或胰蛋白酶消化,MALDI-ToF MS PMF/PSD鉴定蛋白。

中文摘要

本文报道了一种将Love波型表面声波(SAW)生物传感器与基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(MALDI-ToF MS)相结合的增强型芯片检测平台,用于实时表征适配体与其对应HIV-1蛋白的相互作用。研究通过自动化体外筛选获得靶向HIV-1蛋白的RNA适配体。针对gp120包膜蛋白V3环的适配体S66A-C6和S68B-C5在芯片上测得解离常数KD分别为406 nM和791 nM;适配体S69A-C15固定于传感器表面后与HIV-1逆转录酶(RT)结合,摘要报告KD为637 nM。结合后的蛋白可在芯片上经酶切消化,并用MALDI-ToF MS进行肽段质量指纹或源后碎裂鉴定。HIV-1 RT即使在粗蛋白混合物中也能被高显著性鉴定;gp120 V3环在纯化蛋白样品中可直接鉴定,在粗混合物中则通过其融合伙伴谷胱甘肽-S-转移酶(GST)间接高显著性鉴定。结果表明,适配体的选择性结合与质谱的高灵敏鉴定相结合,可实现蛋白溶液中动力学结合事件的实时、可靠和定量分析。

英文摘要

An enhanced chip-based detection platform was developed by integrating a surface acoustic wave biosensor of the Love-wave type with protein identification by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-ToF MS). The system was applied to characterize the interaction of aptamers with their cognate HIV-1 proteins. The aptamers, which target two proteins of HIV-1, were identified using an automated in vitro selection platform. For aptamers S66A-C6 and S68B-C5, which target the V3 loop of the HIV-1 envelope protein gp120, KD values of 406 and 791 nM, respectively, were measured. Aptamer S69A-C15 was shown to bind HIV-1 reverse transcriptase (HIV-1 RT) with a KD value of 637 nM when immobilized on the biosensor surface. HIV-1 RT was identified with high significance using MALDI-ToF MS even in crude protein mixtures. The V3-loop of gp120 could be directly identified when using chip-bound purified protein samples. From crude protein mixtures, it could be identified indirectly with high significance via its fusion-partner glutathione-S-transferase (GST). Our data show that the combination of the selectivity of aptamers with a sensitive detection by MS enables the reliable and quantitative analysis of kinetic binding events of protein solutions in real time.

关键词

表面声波生物传感器适配体HIV-1 gp120 V3HIV-1逆转录酶MALDI-ToF质谱动力学结合分析