荧光生物传感器 2011

A nanoelectromechanical biosensor based on precise quantification and control of DNA orientation.

Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference Spuhler PS, Sola L, Zhang X, Monroe M, Greenspun J, Chiari M, Unlu MS
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组成图示

A nanoelectromechanical biosensor bas... 传感器构成示意图

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传感器类型

荧光生物传感器

检测对象

表面锚定双链DNA探针取向/构象(surface-anchored dsDNA probe orientation/conformation);目标应用为蛋白诱导DNA构象变化(protein-induced DNA conformational changes);样品基质:缓冲液(pH与NaCl离子强度调节)

检测原理

该传感器以SiO2表面为反射基底,表面接枝两性聚合物支架。聚合物等电点约6.5,pH高于6.5时带负电,低于6.5时带正电。带负电的聚合物排斥带负电的dsDNA,使其由平躺转为竖立;带正电的聚合物则吸引dsDNA使其平躺。缓冲液离子强度通过德拜长度(ld=0.3/sqrt(concentration(M)) nm)影响界面电场穿透深度,低离子强度下静电作用可作用于更大范围的dsDNA。dsDNA近端和远端荧光团的高度随取向改变而变化,SSFM利用荧光团与SiO2反射面之间的光谱自干涉,将取向变化转换为亚纳米精度的荧光团高度信号,从而量化DNA构象。

检测灵敏度

未报告 LOD、线性范围、灵敏度斜率或 R^2;原文仅称 SSFM 具有 sub-nanometer resolution。

效应效果

原文未报告选择性、抗干扰、稳定性、重现性(RSD)、实际样品加标回收率,也未与ELISA、HPLC或qPCR等方法进行定量对比。实验表明,缓冲液pH可控制表面dsDNA取向:pH>6.5时聚合物带负电,排斥dsDNA使其竖立;pH<6.5时聚合物带正电,吸引dsDNA使其平躺。离子强度影响取向控制效率,40 mM NaCl下电场穿透更强,取向变化更明显;聚合物膨胀在40 mM下约3 nm,在更高离子强度下约16 nm。近端与远端荧光团高度变化可用于精确量化取向。作者主张该平台可扩展为微阵列,用于高通量研究蛋白诱导DNA构象变化的序列依赖性。

传感器的构成

  • 基底/反射表面:SiO2 二氧化硅表面,提供反射界面并承载聚合物支架
  • 聚合物修饰层:两性 3D 聚合物支架,pH 响应净电荷,通过静电作用控制 DNA 取向
  • 识别/传感元件:胺功能化双链 DNA 探针(dsDNA,10–100 bp),端接于聚合物,作为表面锚定 DNA 构象传感元件
  • 信号标记物:荧光团(fluorophore)标记在 dsDNA 近端/远端,用于 SSFM 高度测量
  • 环境调节层:缓冲液(NaCl,40/260/300 mM,pH 变化),调节聚合物电荷与离子强度
  • 读出系统:光谱自干涉荧光显微镜(SSFM),亚纳米测量荧光团到 SiO2 表面距离

中文摘要

本文提出一种基于光谱自干涉荧光显微镜(SSFM)的纳米机电生物传感器,用于精确量化表面锚定双链DNA(dsDNA)的取向与构象。研究以二氧化硅(SiO2)表面为基底,采用新型两性三维聚合物支架进行功能化,并将胺功能化dsDNA探针端接于聚合物上。该聚合物等电点约为6.5,在pH高于6.5时带净负电,低于6.5时带净正电,从而通过静电作用控制dsDNA在平躺与竖立取向之间转换。通过在dsDNA近端和远端引入荧光团,SSFM可测量荧光团到反射表面的垂直距离,实现亚纳米精度的取向检测。该平台具有可扩展性,可用于高通量微阵列研究蛋白诱导DNA构象变化的序列依赖性。

英文摘要

We utilize spectral self-interference fluorescent microscopy (SSFM) to measure fluorophore height with sub-nm precision to precisely quantify DNA orientation. A novel polymeric 3D scaffold is used to functionalize the sensor surface and to control orientation of the surface anchored DNA.