综述或非传感器论文 2012 非传感器论文

Solid-state nanopores for biosensing with submolecular resolution.

Biochemical Society transactions Bahrami A, Doğan F, Japrung D, Albrecht T
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组成图示

Solid-state nanopores for biosensing ... 传感器构成示意图

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传感器类型

综述或非传感器论文

检测对象

DNA(dsDNA/ssDNA)、RNA、蛋白质(BSA、纤维蛋白原、IgG、卵白蛋白、β-hCG)、蛋白-DNA复合物(RecA-dsDNA、限制性内切酶-dsDNA);样品基质为KCl电解液/缓冲溶液

检测原理

固态纳米孔膜分隔两电解液腔,Ag/AgCl电极施加偏压形成离子电流。带电生物分子在孔口强电场下转位,阻塞孔体积并减少离子传输,产生瞬时电流下降;阻塞幅度、持续时间和电荷量反映分子尺寸、电荷与构象。孔壁修饰bait蛋白或目标DNA预结合PNA/抗体后,识别事件改变转位特征,可区分序列、蛋白-DNA复合物或蛋白-蛋白结合。隧穿电极与孔对齐时,DNA通过间隙产生量子隧穿电流,电导随碱基电子结构变化,提供亚纳米分辨。石墨烯膜缩短孔道,TiO2降低电容噪声;脂质双分子层可嵌入受体并预浓缩蛋白。浓度升高使转位/结合事件频率增加。本文未采用HCR、RCA或酶催化沉积等放大策略。

检测灵敏度

原文未报告LOD、线性范围、灵敏度斜率或相关系数。

效应效果

固态纳米孔可区分ssDNA与dsDNA、折叠与展开RNA,并依据电流阻塞估计BSA和纤维蛋白原尺寸。RecA-dsDNA局部检测空间分辨约8 nm;限制性内切酶结合特定dsDNA与突变序列呈现不同电压阈值。IgG-β-hCG结合未直接观察到复合体转位,但IgG转位频率随β-hCG浓度下降,显示剂量响应。隧穿电流可区分单个DNA碱基及甲基化/非甲基化胞嘧啶,但需控制转位速度和电子学。石墨烯孔分辨率不足、转位过快,TiO2可降低电容噪声。作者认为其可用于DNA测序、表观遗传、基因谱和分子条形码,并利于芯片集成。

传感器的构成

  • 换能器电极:Ag/AgCl电极,置于含Cl-电解液(如0.1 M KCl),施加偏压产生离子电流
  • 纳米孔膜:Si3N4膜,经离子束/电子束加工形成1–30 nm孔,作为单分子转位通道
  • 超薄膜:石墨烯(graphene)膜,厚度约0.6 nm,跨接于Si3N4模板微孔上,用于亚纳米分辨
  • 噪声抑制层:TiO2沉积于石墨烯层,降低未修饰石墨烯膜的电容噪声
  • 流体壁修饰层:流动脂质双分子层(fluid lipid bilayer)涂覆孔壁,可调节孔径并嵌入分子受体
  • 识别元件:bait蛋白、抗体IgG、PNA探针或生物素化dsDNA/亲和素,用于捕获或标记目标序列/蛋白
  • 信号标记物:荧光标记亲和素(labelled avidin),用于TIRF同步光学检测

中文摘要

生物细胞膜含有多种1–100 nm的离子通道和跨膜孔,对细胞功能至关重要。1976年,Neher和Sakmann利用膜片钳技术证明单个通道可被电学探测。自20世纪90年代以来,该工作启发了蛋白纳米孔或固态纳米孔作为廉价、超快传感器用于检测DNA、RNA和蛋白质等生物分子,尤其聚焦DNA测序。固态纳米孔的优势在于孔径可按被测物定制,并可利用半导体加工技术进行表面修饰,从而形成一类新型单分子生物传感器器件,在某些情况下可实现亚分子分辨率。本综述讨论该领域若干重要近期进展,以及它们如何应用于研究蛋白-蛋白和蛋白-DNA相互作用,或用于超快DNA测序。

英文摘要

Biological cell membranes contain various types of ion channels and transmembrane pores in the 1-100 nm range, which are vital for cellular function. Individual channels can be probed electrically, as demonstrated by Neher and Sakmann in 1976 using the patch-clamp technique [Neher and Sakmann (1976) Nature 260, 799-802]. Since the 1990s, this work has inspired the use of protein or solid-state nanopores as inexpensive and ultrafast sensors for the detection of biomolecules, including DNA, RNA and proteins, but with particular focus on DNA sequencing. Solid-state nanopores in particular have the advantage that the pore size can be tailored to the analyte in question and that they can be modified using semi-conductor processing technology. This establishes solid-state nanopores as a new class of single-molecule biosensor devices, in some cases with submolecular resolution. In the present review, we discuss a few of the most important recent developments in this field and how they might be applied to studying protein-protein and protein-DNA interactions or in the context of ultra-fast DNA sequencing.