Understanding the self-assembly dynamics of A/T absent 'four-way DNA junctions with sticky ends' at altered physiological conditions through molecular dynamics simulations.

PloS one 2023 Singh A, Yadav RK, Shati A, Kamboj NK 等 8 人

本文旨在阐明DNA分支等替代高阶结构的结构与动力学，以服务于治疗设计。作者报道了一种不含A/T碱基、带粘性末端的四路DNA连接体，其序列为d(CGGCGGCCGC)4，可在不同人工生理条件下自组装成四路连接体构象。研究以晶体结构坐标（PDB ID: 3Q5C）为初始模型，在DESMOND软件中采用OPLS-2005力场，对不同温度和...

综述或非传感器论文 DNA四路连接体Holliday junction分子动力学模拟温度响应

Three-dimensional modeling of streptomycin binding single-stranded DNA for aptamer-based biosensors, a molecular dynamics simulation approach.

Journal of biomolecular structure & dynamics 2023 Nosrati M, Roushani M

链霉素（streptomycin, STR）是一种氨基糖苷类抗生素，广泛用于人和动物细菌感染治疗，但具有肾毒性和耳毒性等严重副作用，因此需要灵敏检测血清和食品中的痕量残留。适配体是通过SELEX筛选的寡核苷酸或肽，具有高亲和力和高特异性，是生物传感识别元件的理想候选。已有79-mer单链DNA适配体用于多种链霉素适配体传感器，但缺乏...

综述或非传感器论文 链霉素DNA适配体分子动力学模拟三维结构预测