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A Sort-Seq Approach to the Development of Single Fluorescent Protein Biosensors.

ACS chemical biology 2021 Koberstein JN, Stewart ML, Mighell TL, Smith CB 等 5 人

受单荧光蛋白生物传感器(SFPB)在生物研究中日益重要但理性设计困难驱动,作者提出一种名为 sort-seq 的大规模并行检测策略,以加速 SFPB 设计优化。SFPB 通常由圆形排列荧光蛋白、配体结合域及连接两者的连接子组成;由于缺乏预测方法,多数组合无法实现配体结合与荧光发射之间的别构耦合。该方法将分箱荧光激活细胞分选、下一代测...

Structure- and mechanism-guided design of single fluorescent protein-based biosensors.

Nature chemical biology 2021 Nasu Y, Shen Y, Kramer L, Campbell RE

基于单个荧光蛋白荧光强度变构调控的强度型基因编码生物传感器,是成像神经活动及其他细胞生化事件的重要工具。其典型代表是 GCaMP 系列钙离子生物传感器,过去二十年间持续改进,已成为神经科学不可或缺的工具。然而,尚无其他生物传感器在性能或特定学科中的革命性影响上达到钙离子传感器水平。造成这一局面的关键原因之一,是对生物传感器结构与机制...

Rapid construction of metabolite biosensors using domain-insertion profiling.

Nature communications 2016 Nadler DC, Morgan SA, Flamholz A, Kortright KE 等 5 人

单荧光蛋白生物传感器(SFPBs)可在活细胞内以单细胞时空分辨率定量代谢物,但将绿色荧光蛋白(GFP)理性插入配体结合域并形成有效变构耦合仍是构建瓶颈。本文提出一种无偏高通量方法——基于 DNA 测序的域插入分析(DIP-seq),通过转座子介导的随机域插入快速构建大量潜在 SFPB 文库,并结合流式细胞分选(FACS)与下一代测序...