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Role of water coordination at zinc binding site and its catalytic pathway of dizinc creatininase: insights from quantum cluster approach.

Journal of computer-aided molecular design 2022 Meelua W, Oláh J, Jitonnom J

肌酐酶(肌酐酰胺水解酶,EC 3.5.2.10)是哺乳动物肌酐代谢通路中的关键酶,具有诊断应用潜力,可催化肌酐与肌酸之间的可逆转化。本文采用密度泛函理论(DFT)结合量子簇方法研究其反应机制,考察了 His178 或 Zn1 配位水分子 Wat2 或两者共同协助质子转移的三条反应路径。计算表明,取决于 Wat2 在 Zn1 的配位模...

Quantum Mechanics/Molecular Mechanics Simulations Identify the Ring-Opening Mechanism of Creatininase.

Biochemistry 2017 Jitonnom J, Mujika JI, van der Kamp MW, Mulholland AJ

肌酐酶催化肌酐(肾功能生物标志物)转化为肌酸,经历水加成和开环两步机制。开环步骤中质子供体是 His178 还是金属结合水分子仍有争议,His178 与 Glu122 的作用也不明确。本文采用 SCC-DFTB/CHARMM22 量子力学/分子力学模拟,考察野生型和 E122Q 突变酶的两条反应路径。结果表明 His178 是主要催...

综述或非传感器论文 肌酐酶肌酐QM/MM模拟双锌酶