Frontiers in molecular biosciences
2022
Boada Y, Santos-Navarro FN, Picó J, Vignoni A
在微生物细胞工厂中实现最优生产并抵抗胞内与环境扰动，需要对目标代谢通路进行动态反馈调节。本文针对广泛存在于代谢工程应用（如苯丙素类化合物生产）中的汇合型代谢通路基序，提出一种考虑体内实现细节的现实模型，并建立基于多目标优化的方法，用于对组成分子生物控制器和生物传感器装置的基因回路元件进行最优调谐，以构建动态调节策略。该方法能够处理受...
ACS synthetic biology
2022
Verma BK, Mannan AA, Zhang F, Oyarzún DA
合成生物学进展使代谢工程可构建动态控制回路，使其能够响应生物反应器扰动并自我调节基因表达，有望克服传统通路工程中的诸多难题。这些回路的核心是代谢物生物传感器，用于读取通路信号并驱动酶表达。然而，代谢物生物传感器的构建是菌株设计的主要瓶颈，关键挑战在于理解生物传感器剂量-响应曲线与通路性能之间的关系。本文采用多目标优化方法，定量刻画代...
PloS one
2016
Hsu CY, Chen BS
随着工业扩张，重金属等污染物日益污染生活环境。重金属不可降解，易在食物链中累积并对生物体产生毒性，因此金属离子检测技术受到关注。合成生物学进展为利用源自微生物的启动子元件检测金属离子提供了新途径。为简化设计，需要开发系统方法以评估和选择合适组件，实现期望检测性能。本文推导了一种多目标 H2/H1 性能准则，作为金属离子生物传感器的设...