Short Activators and Repressors of RNA Toehold Switches.
RNA toehold switch是一类用于识别特定RNA触发序列的分子工具，但现有设计与表征尚不能明确其能否有效响应短于36 nt的触发序列。本文探索标准toehold switch使用23 nt截短触发序列的可行性，并评估具有显著同源性不同触发序列之间的串扰。研究发现，触发序列中存在高度敏感区域，仅一个碱基突变即可使开关激活降...
Development of a Cell-Free Optical Biosensor for Detection of a Broad Range of Mercury Contaminants in Water: A Plasmid DNA-Based Approach.
汞是全球主要水污染物之一。本研究基于携带 merR 基因的遗传修饰质粒，分别构建了以荧光素酶（LucFF）和翡翠绿色荧光蛋白（EmGFP）为报告基因的全细胞与无细胞生物传感器，用于检测水样中的汞。两种构建体在大肠杆菌和无细胞体系中均达到 1 ppb 汞的检出限。研究发现，高浓度汞对细菌具有细胞毒性，导致全细胞传感器在高汞浓度下出现异...
Optimizing Cell-Free Biosensors to Monitor Enzymatic Production.
无细胞系统是代谢工程和合成生物学中快速、高通量原型化生物部件的有前景平台。其主要限制之一是转录阻遏蛋白的抑制倍数较低，因此主要依赖阻遏蛋白的原核生物传感器开发受到限制。本研究展示如何在无细胞系统中优化此类生物传感器，包括采用含转录因子（TF）质粒的细胞制备 TF 掺杂裂解液、在加入报告 DNA 前对 TF 质粒进行预孵育，以及通过补...
Cell-sized mechanosensitive and biosensing compartment programmed with DNA.
自下而上构建 DNA 编程的细胞尺寸隔室并赋予其感知化学与物理环境的能力仍具挑战。本文通过无细胞表达（TXTL）在脂质体中表达大肠杆菌机械敏感通道 MscL 和钙荧光生物传感器 G-GECO，构建机械敏感且具有生物传感能力的合成细胞。采用全大肠杆菌无细胞工具箱，基于内源 RNA 聚合酶和 σ70，使用 P70a 单步表达和 σ28 ...