CUTS RNA Biosensor for the Real-Time Detection of TDP-43 Loss-of-Function.
TDP-43 功能障碍与多种神经退行性疾病相关，亟需实时定量其功能缺失（LOF）的工具。本文开发 CUTS（CFTR-UNC13A TDP-43 Loss-of-Function）系统，将 TDP-43 调控的隐蔽外显子与报告基因偶联，通过活细胞显微镜及 RNA/蛋白检测追踪 TDP-43 LOF。CUTS 可检测 TDP-43 错...
Short Activators and Repressors of RNA Toehold Switches.
RNA toehold switch是一类用于识别特定RNA触发序列的分子工具，但现有设计与表征尚不能明确其能否有效响应短于36 nt的触发序列。本文探索标准toehold switch使用23 nt截短触发序列的可行性，并评估具有显著同源性不同触发序列之间的串扰。研究发现，触发序列中存在高度敏感区域，仅一个碱基突变即可使开关激活降...
Toehold switch based biosensors for sensing the highly trafficked rosewood
核酸传感是病原检测、单细胞转录组分析等领域的重要方向，但传统 PCR、测序及其衍生方法在速度、成本、复杂性和特异性方面存在局限。趾突开关（toehold switch）是一类 RNA 传感装置，其合成传感 mRNA 含有被发夹结构遮蔽的核糖体结合位点（RBS）和起始密码子；当目标触发 RNA 与传感序列互补配对时，发夹结构打开，暴露...
Screening Phosphorylation Site Mutations in Yeast Acetyl-CoA Carboxylase Using Malonyl-CoA Sensor to Improve Malonyl-CoA-Derived Product.
丙二酰辅酶A（malonyl-CoA）是多种生物化学物与生物燃料合成的关键前体，在酿酒酵母中由乙酰辅酶A羧化酶Acc1p催化生成，并受Snf1蛋白激酶磷酸化负调控，导致胞内水平较低，限制下游产物合成。本研究设计了一种合成malonyl-CoA荧光生物传感器，以细菌转录因子FapR、fapO操纵子和yeGFP报告基因为核心，通过TEF...
Genetically encoded sensors enable real-time observation of metabolite production.
工程细胞生产高价值代谢产物受限于缓慢且费力的浓度评估方法，许多设计未被评估，产物形成动力学也未被观察。本文建立一种无需样品制备和复杂分析即可实时观察产物形成的框架。利用源自小分子响应转录因子的遗传编码生物传感器，提供与细胞内目标代谢物浓度成正比的荧光读出。将合适传感器与产物合成细胞组合，可通过荧光追踪产物形成；单个细胞荧光强度与其代...
Flux Control at the Malonyl-CoA Node through Hierarchical Dynamic Pathway Regulation in Saccharomyces cerevisiae.
在微生物宿主中建立异源合成途径以高滴度和高收率生产工业化学品，需要高效调整中心碳代谢，使代谢通量导向目标产物。这可通过对代谢网络关键分支点的调控实现。本文提出一种围绕关键中间物丙二酰辅酶A（malonyl-CoA）的层级动态控制新方法，用于动态调节途径通量和酶表达水平。控制系统的上层通过下调 malonyl-CoA 用于脂肪酸合成的...
Intermediate-sensor assisted push-pull strategy and its application in heterologous deoxyviolacein production in Escherichia coli.
由于通路工程方法通常缺乏高通量筛选工具，我们开发了一种名为中间物传感器辅助推拉策略（InterSPPS）的新策略，通过引入靶向关键通路中间物的生物传感器实现通路顺序优化。作为概念验证，我们构建了 L-色氨酸（L-Trp）生物传感器，并用于优化脱氧紫罗兰素（deoxyviolacein）生物合成通路；该通路被分为两个模块，L-Trp ...
Strategies for tracking anastasis, a cell survival phenomenon that reverses apoptosis.
Anastasis（复苏）指濒死细胞在凋亡刺激去除后逆转凋亡并恢复存活的现象。在复苏前，细胞已越过凋亡关键检查点，包括线粒体碎裂、细胞色素c释放、caspase激活、染色质凝聚、DNA损伤、核碎裂、质膜起泡、细胞收缩、磷脂酰丝氨酸外翻和凋亡小体形成。若凋亡刺激在死亡前被移除，濒死细胞可逆转凋亡及其他死亡机制，因此anastasis可...