(p)ppGpp mediates persister formation in
细菌持久性导致抗生素治疗失败和感染复发，但促进持久细胞形成的代谢线索仍不清楚。本研究检测大肠杆菌从葡萄糖转换至不同碳源后的持久性。与转换至丙酮酸、苹果酸、琥珀酸和延胡索酸等糖异生碳源相比，葡萄糖到脂肪酸转换诱导异常高的持久水平，24 h后分别耐受氨苄西林56%、羧苄西林22%和庆大霉素1%。利用RNA生物传感器和HPLC发现，葡萄糖...
Real-Time Assessment of Intracellular Metabolites in Single Cells through RNA-Based Sensors.
特定细胞代谢物浓度的定量可反映生理与病理状态下代谢通路的实际利用情况，也是代谢工程中筛选细胞工厂的重要读出指标。然而，目前尚缺乏可直接在单细胞水平实时评估胞内代谢物水平的方法。近年来，天然细菌 RNA 核糖开关的模块化结构启发了遗传编码合成 RNA 器件的设计，这类 RNA 生物传感器可将胞内代谢物浓度转化为定量荧光信号。其通常由代...
TDP-43 Regulates Coupled Dendritic mRNA Transport-Translation Processes in Co-operation with FMRP and Staufen1.
树突信使核糖核蛋白（mRNP）颗粒的精确运输与局部翻译对突触可塑性和神经元发育至关重要，其失调与多种神经疾病相关。本研究结合活细胞成像、分子信标荧光原位杂交、CRISPR/Cas9 编辑及 RNA 生物传感器，解析 TDP-43 如何与 FMRP 和 Staufen1 协同调控小鼠神经元树突中 Rac1 mRNA 颗粒的顺向与逆向运...
Evaluating riboswitch optimality.
核糖开关是一类能够识别多种化学与生物分子输入，并通过RNA构象变化将该识别过程转导为遗传、荧光及其他工程化输出的RNA元件。它们在细胞生物学中广泛存在，并在遗传调控与生物传感中具有应用前景。本文针对在热力学平衡附近工作的ON型和OFF型核糖开关，推导了一个限制其激活比（即活性状态与失活状态RNA比例）的简单表达式：1+[I]/Kd_...
Engineering and In Vivo Applications of Riboswitches.
核糖开关是主要存在于细菌中的基因调控单元，能够响应小分子配体并改变基因表达。这类结构化 RNA 由适配体结构域和表达平台组成：前者高特异性、高亲和力结合目标配体，后者将配体结合事件转导为基因表达输出。近年来，研究者通过理性突变、结构引导设计、筛选与计算建模等方法，开发了可识别新型小分子诱导物的适配体结构域，并优化了表达平台，使其能与...