In-silico selection of peptides for the recognition of imidacloprid.
本文旨在通过计算筛选低成本肽受体，用于环境中新污染物农药的灵敏检测。作者以蛋白数据银行中 Lymnaea stagnalis 乙酰胆碱结合蛋白 Q55R 突变体与吡虫啉复合物（PDB: 3WTH）为起点，利用 PLIP 分析农药与 A、B、C 链相互作用区，选取三条短肽 YSP09、DRM12 和 WQW13。分子对接显示三者可与吡...
Identifying Selectivity Filters in Protein Biosensor for Ligand Screening.
细菌中特化的传感机制使其能在高度异源污染环境中以高选择性识别同源配体，并将这些配体用作能源。本文通过整合全原子计算机模拟、生化实验和等温滴定量热（ITC）测量，阐明了酚生物传感器 MopR 在配体进入过程中的复合选择机制的分子基础。结果表明，MopR 的配体进入路径上存在一组策略性布置的选择性过滤，它们像检查点一样，根据芳香配体的化...
Use of simplified models for theoretical prediction of the interactions between available antibodies and the receptor-binding domain of SARS-CoV-2 spike protein.
传染病如 COVID-19 对公共卫生和全球经济的负面影响显而易见。该疫情给科学界带来重大挑战，需要开发新的实用分析方法以准确诊断新发病例。由于抗原/抗体相互作用具有选择性和敏感性，亟需基于此类相互作用检测 COVID-19 生物标志物的新方法。在此背景下，理论与计算建模可减少实验工作量并节约资源，用于理性生物传感器设计。本研究提出...