Molecular dynamics simulations reveal mechanistic insights into aptamer-induced structural rearrangements in viral capsid proteins.

Journal of computer-aided molecular design 2025 Low CF, Ghadin N, Mohamad Jamali MA

罗氏沼虾杆状病毒（Macrobrachium rosenbergii nodavirus, MrNV）是引起巨淡水对虾白尾病的主要病毒，造成严重经济损失。本研究考察截短 DNA 适配体 TrAptm-1 对 MrNV 衣壳蛋白单体和三聚体形式的结合特性。分子动力学模拟结合 MM/PBSA 结合自由能计算表明，TrAptm-1 与三聚...

综述或非传感器论文 适配体病毒衣壳蛋白分子动力学模拟结合自由能

Use of simplified models for theoretical prediction of the interactions between available antibodies and the receptor-binding domain of SARS-CoV-2 spike protein.

Journal of biomolecular structure & dynamics 2023 Huerta-Miranda GA, García-García WI, Vidal-Limon A, Miranda-Hernández M

传染病如 COVID-19 对公共卫生和全球经济的负面影响显而易见。该疫情给科学界带来重大挑战，需要开发新的实用分析方法以准确诊断新发病例。由于抗原/抗体相互作用具有选择性和敏感性，亟需基于此类相互作用检测 COVID-19 生物标志物的新方法。在此背景下，理论与计算建模可减少实验工作量并节约资源，用于理性生物传感器设计。本研究提出...

综述或非传感器论文 SARS-CoV-2刺突蛋白RBD分子动力学结合自由能

Molecular Dynamics Simulation of a RNA Aptasensor.

The journal of physical chemistry. B 2017 Ruan M, Seydou M, Noel V, Piro B 等 6 人

单链 RNA 适配体已成为新型生物传感器工具。然而，适配体固定化到表面通常导致亲和力下降。为理解该分子过程，作者对已有实验数据的黄素单核苷酸（Flavin mononucleotide, FMN）适配体进行了完整模拟研究。在溶液中、连接六个胸苷（T6）以及最终固定化在己醇硫醇功能化金表面上，对黄素与其 RNA 适配体复合物进行了多次...

其他 RNA适配体分子动力学模拟黄素单核苷酸金表面自组装单分子层

Insights into resistance mechanism of the macrolide biosensor protein MphR(A) binding to macrolide antibiotic erythromycin by molecular dynamics simulation.

Journal of computer-aided molecular design 2015 Feng T, Zhang Y, Ding JN, Fan S 等 5 人

大环内酯生物传感器蛋白 MphR(A) 是代谢物感应与基因表达调控的关键蛋白。MphR(A) 结合红霉素（erythromycin, Ery）后释放基因操纵子，激活 mphA 基因表达并启动红霉素耐药。V66L 和 V126L 突变可能破坏 Ery 与 MphR(A) 的结合。本研究采用分子动力学模拟，比较野生型 MphR(A) 与...

综述或非传感器论文 大环内酯生物传感器蛋白MphR(A)红霉素耐药机制