Ligify 2.0: a web server for predicted small molecule biosensors.
原核转录因子（TF）可作为小分子生物传感器，在生物技术应用广泛，但多数 TF 的配体仍未知。Ligify 利用基因组背景与酶反应数据库预测 TF 的对应效应分子。本文报道 Ligify 2.0，一个用于 Ligify 预测的现代交互式网页服务器。作者系统评估 Rhea 酶反应数据库中 10965 个小分子与 TF 的关联，最终生成 ...
Ligify: Automated Genome Mining for Ligand-Inducible Transcription Factors.
原核转录因子可被改造为配体诱导的基因表达生物传感器，但已有配体范围极为有限。为扩展该范围，作者开发了 Ligify，一个利用酶反应数据库信息预测可响应用户定义化学物质的转录因子的网页应用。候选转录因子被整合到自动生成的质粒序列中，该质粒被设计为在目标化学物质存在时表达 GFP。基准分析表明，Ligify 正确预测了 100 个已验证...
TFBMiner: A User-Friendly Command Line Tool for the Rapid Mining of Transcription Factor-Based Biosensors.
响应小分子的转录因子是合成生物学设计中的关键元件，常作为遗传编码生物传感器，用于环境污染物和生物标志物检测以及微生物菌株工程。尽管已有多种策略扩展可检测化合物范围，但转录因子及其诱导分子的鉴定与表征仍费时费力。本文提出 TFBMiner，一种用户友好的命令行数据挖掘与分析流程，可自动、快速鉴定潜在的代谢物响应型转录因子生物传感器（T...
A New Biosensor for Stilbenes and a Cannabinoid Enabled by Genome Mining of a Transcriptional Regulator.
体内生物传感器是代谢工程和合成生物学中的有力工具，但已表征转录调控因子数量有限，制约了新生物传感器的开发。微生物广泛的感知能力和大量可用基因组序列，为通过基因组挖掘新转录调控因子开发新型生物传感器提供了潜力。本文报道了通过挖掘 Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444 基因组，开发并工程化一...