Snowprint: a predictive tool for genetic biosensor discovery.
生物工程师日益依赖配体诱导型转录调控因子实现基因表达的化学响应控制，但可用调控因子数量有限。虽然可从基因组中挖掘新型调控因子，但其 DNA 特异性认识不足使遗传设计复杂化。本文提出 Snowprint，一种简单而强大的生物信息学工具，用于预测调控因子-操作子相互作用。基准测试表明，对于来自 9 个门、跨越 5 个不同结构家族的实验验...
Engineering of the Ligand Specificity of Transcriptional Regulator XylS by Deep Mutational Scanning.
深度突变扫描是一种蛋白质工程方法。本文将其应用于改变假单胞菌 Pseudomonas putida 转录调控因子 XylS 的配体特异性，使其识别 p-甲苯酸而非天然配体 m-甲苯酸。为此，作者使用基于抗生素抗性基因的双筛选系统，构建 xylS 突变库，将推测配体结合域（1–213 位，除第 7 位外）的每个密码子随机化，产生所有可...
Development of a Biosensor Platform for Phenolic Compounds Using a Transition Ligand Strategy.
蛋白或微生物菌株设计的高通量表征耗时费力，限制了高性能生物催化剂的开发。转录生物传感器可将难以观察的生产表型转化为可检测信号，从而在短时间内快速表征数千个变体；但许多目标分子缺乏决定传感器特异性的特异性转录调控因子。本文提出一种结合半理性过渡配体策略与流式细胞分选（FACS）的方法，用于快速工程化生物传感器特异性。该两步策略首先将生...
Engineering and application of a biosensor with focused ligand specificity.
将生物基前体转化为化学品的细胞工厂为可持续经济提供有吸引力途径，但筛选遗传多样性菌株库以鉴定最佳全细胞生物催化剂仍是低通量工作。转录生物传感器与荧光激活细胞分选（FACS）联用可筛选庞大文库，但转录调控因子（TR）的宽泛配体特异性常限制此类超高通量筛选。本研究解析了谷氨酸棒杆菌（Corynebacterium glutamicum）...
A New Biosensor for Stilbenes and a Cannabinoid Enabled by Genome Mining of a Transcriptional Regulator.
体内生物传感器是代谢工程和合成生物学中的有力工具，但已表征转录调控因子数量有限，制约了新生物传感器的开发。微生物广泛的感知能力和大量可用基因组序列，为通过基因组挖掘新转录调控因子开发新型生物传感器提供了潜力。本文报道了通过挖掘 Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444 基因组，开发并工程化一...
Unraveling the role of the transcriptional regulator VirS in low pH-induced responses of
结核分枝杆菌在巨噬细胞内低 pH 环境中维持胞内 pH 稳态并阻断吞噬体-溶酶体融合，是其持续存活的关键。本文利用胞质 pH 遗传学荧光报告系统证明，AraC/XylS 型转录调控因子 VirS 对酸性应激下胞内 pH 维持及酸化巨噬细胞内生存至关重要。转录组分析显示，VirS 在低 pH 下调控代谢酶、细胞壁包膜蛋白、外排泵、离子...
Development of a novel cellulase biosensor that detects crystalline cellulose hydrolysis using a transcriptional regulator.
纤维素作为可再生生物质资源的高效利用依赖于经济可行的酶解技术。本研究开发了一种用于检测纤维素酶解活性的全细胞生物传感器，其核心是利用来自热纤梭菌（Thermobifida fusca）的转录调控因子 CelR 识别纤维二糖（cellobiose），并转录激活下游绿色荧光蛋白（GFP）报告基因。该全细胞生物传感器被命名为可检测纤维二糖...
New Intracellular Shikimic Acid Biosensor for Monitoring Shikimate Synthesis in Corynebacterium glutamicum.
利用体内生物传感器定量监测胞内代谢物，是筛选高产菌株并实时观察产物积累的有效手段。本研究基于谷氨酸棒杆菌（Corynebacterium glutamicum）的 LysR 型转录调控因子 ShiR 构建了一种莽草酸（shikimic acid, SA）生物传感器。该传感器在单细胞水平上对胞内 SA 浓度升高具有特异性响应，线性范围...
Novel biosensors based on flavonoid-responsive transcriptional regulators introduced into Escherichia coli.
本研究构建了两种可用于大肠杆菌代谢工程的黄酮类化合物生物传感器。传感器由异源转录调控因子与自荧光蛋白报告系统组成：来自Herbaspirillum seropedicae SmR1的转录激活因子FdeR可响应柚皮素（naringenin），而来自Bacillus subtilis的阻遏蛋白QdoR可被槲皮素（quercetin）和山...
ChpR is a chlorpyrifos-responsive transcription regulator in Sinorhizobium meliloti.
本研究在苜蓿农杆菌 Sinorhizobium meliloti 的内源巨型质粒 pSymB 上鉴定到广谱有机磷杀虫剂毒死蜱（chlorpyrifos, CPF）诱导的 chpAB 位点。chpA 启动子在 CPF 存在时受到强烈诱导，而 diazinon 和 ethion 仅引起较低水平诱导。chpA 的转录依赖于位于 chpAB...