Snowprint: a predictive tool for genetic biosensor discovery.
生物工程师日益依赖配体诱导型转录调控因子实现基因表达的化学响应控制，但可用调控因子数量有限。虽然可从基因组中挖掘新型调控因子，但其 DNA 特异性认识不足使遗传设计复杂化。本文提出 Snowprint，一种简单而强大的生物信息学工具，用于预测调控因子-操作子相互作用。基准测试表明，对于来自 9 个门、跨越 5 个不同结构家族的实验验...
GroovDB: A Database of Ligand-Inducible Transcription Factors.
遗传生物传感器是合成生物学中的核心元件。配体诱导型原核转录因子被广泛用于高通量筛选、动态反馈调控、多层逻辑门以及诊断应用。为给工程应用提供可靠且可检索的资源，作者开发了 GroovDB（https://groov.bio），一个可在线访问的配体诱导型转录因子数据库。该数据库收录构建化学响应遗传回路所需的关键信息，包括生物传感器蛋白序...
Genetic Biosensor Design for Natural Product Biosynthesis in Microorganisms.
天然产物在微生物细胞工厂中的低产率和低滴度是生物合成中的常见瓶颈。设计遗传生物传感器以监测和调控目标天然产物的合成，是解决该问题的重要策略。本综述系统评价了微生物天然产物生物合成中遗传生物传感器设计的最新进展，重点讨论了遗传部件选择策略与构建原则，包括转录因子（TF）和核糖开关作为传感装置、报告基因或通路基因作为转导装置，以及启动子...
A genetic biosensor for identification of transcriptional repressors of target promoters.
转录抑制因子在基因表达调控中具有重要作用，但在原核生物中，从基因组尺度识别能特异性结合目标启动子的抑制因子十分困难。为此，作者在大肠杆菌中基于从头设计的遗传回路构建了一种遗传生物传感器，用于识别目标启动子的抑制因子。该回路可将抑制因子的负向输入转换为报告基因的正向输出，从而便于筛选和鉴定抑制因子。在评估其敏感性和偏差后，该生物传感器...
Identification of in vivo regulators of the Vibrio cholerae xds gene using a high-throughput genetic selection.
霍乱弧菌是霍乱的致病菌，在水体与人体肠道之间转移，并在生命周期不同阶段发生适应性基因表达变化。xds 基因编码一种分泌型外切核酸酶，此前被发现可在感染过程中诱导表达。本研究旨在鉴定负责 xds 在体内特异性诱导的调控因子。作者将 xds 与两个串联抗生素抗性基因融合，用于筛选在非诱导条件下使 xds 融合表达增强的转座子突变体，并通...