Modeling and Optimization of a Molecular Biocontroller for the Regulation of Complex Metabolic Pathways.

Frontiers in molecular biosciences 2022 Boada Y, Santos-Navarro FN, Picó J, Vignoni A

在微生物细胞工厂中实现最优生产并抵抗胞内与环境扰动，需要对目标代谢通路进行动态反馈调节。本文针对广泛存在于代谢工程应用（如苯丙素类化合物生产）中的汇合型代谢通路基序，提出一种考虑体内实现细节的现实模型，并建立基于多目标优化的方法，用于对组成分子生物控制器和生物传感器装置的基因回路元件进行最优调谐，以构建动态调节策略。该方法能够处理受...

综述或非传感器论文 代谢通路动态反馈调节分子生物控制器扩展生物传感器

Trade-Offs in Biosensor Optimization for Dynamic Pathway Engineering.

ACS synthetic biology 2022 Verma BK, Mannan AA, Zhang F, Oyarzún DA

合成生物学进展使代谢工程可构建动态控制回路，使其能够响应生物反应器扰动并自我调节基因表达，有望克服传统通路工程中的诸多难题。这些回路的核心是代谢物生物传感器，用于读取通路信号并驱动酶表达。然而，代谢物生物传感器的构建是菌株设计的主要瓶颈，关键挑战在于理解生物传感器剂量-响应曲线与通路性能之间的关系。本文采用多目标优化方法，定量刻画代...

其他 代谢物生物传感器动态通路工程多目标优化转录因子