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In vitro selection and amplification protocols for isolation of aptameric sensors for small molecules.

Methods (San Diego, Calif.) 2016 Yang KA, Pei R, Stojanovic MN

本文报道了一种用于小分子适配体传感器的体外筛选与扩增协议。作者优化了基于结构切换(structure-switching)的 SELEX 方法,可直接获得小分子适配体传感器。该方法无需化学修饰目标小分子,而是在溶液相中使用天然状态目标;通过生物素化捕获链将寡核苷酸文库固定于链霉亲和素琼脂糖柱上,目标结合诱导文库构象切换并使其从柱上洗...

Computational design and biosensor applications of small molecule-sensing allosteric ribozymes.

Biomacromolecules 2013 Penchovsky R

本文报道了用于设计小分子感应别构核酶的计算方法,这些核酶可作为具有 NOT 或 YES 布尔逻辑功能的逻辑门。作者通过建模 RNA 二级结构,将茶碱适配体与扩展型锤头核酶融合,获得在生理相关条件下具有 1.3 min−1 高切割速率的茶碱感应核酶;该核酶对茶碱高度特异,不响应仅相差一个甲基的咖啡因。嘌呤感应核酶则通过将最小锤头核酶与...