GeomBD3: Brownian Dynamics Simulation Software for Biological and Engineered Systems.

Journal of chemical information and modeling 2022 Cholko T, Kaushik S, Wu KY, Montes R 等 5 人

GeomBD3 是一款用于生物与工程体系的稳健布朗动力学模拟软件包，可设计、运行并分析不同环境和排列中的天然或人工体系。模拟采用全原子刚性分子模型，配体按过阻尼朗之万动力学扩散，并通过静电、Lennard-Jones 和配体去溶剂化势相互作用。程序可自动计算任意用户定义结合判据下的分子缔合速率、表面停留时间和结合统计，并借助辅助脚本...

综述或非传感器论文 布朗动力学分子模拟生物传感器设计DNA杂交

Protein Transport through Nanopores Illuminated by Long-Time-Scale Simulations.

ACS nano 2021 Mitscha-Baude G, Stadlbauer B, Howorka S, Heitzinger C

分子在纳米受限空间中的传输对生物学、生物传感和工业过滤具有重要意义。现有模拟因时间尺度短、重复次数少而难以获得统计可靠结论。本文提出一种高通量计算框架，将布朗动力学（BD）与基于Poisson–Nernst–Planck–Stokes（PNPS）方程的连续介质模拟相结合，在实验真实条件下模拟数百条长达秒级的蛋白质跨孔轨迹，并同时计入...

其他 纳米孔传感蛋白质跨孔布朗动力学Poisson-Nernst-Planck-Stokes