Functionalized Graphene Oxide with Chitosan for Dopamine Biosensing.
快速简便地检测生物分子已成为研究重点，多巴胺（DA）检测对帕金森病、精神分裂症、阿尔茨海默病等神经疾病的早期诊断具有重要意义。本文报道了一种基于壳聚糖（Cs）功能化氧化石墨烯（GO）的 DA 实时光学检测方法，并通过密度泛函理论（DFT，B3LYP/LANL2DZ）计算研究 GO-Cs 与 DA 相互作用的物理和电子性质。计算表明，...
GeomBD3: Brownian Dynamics Simulation Software for Biological and Engineered Systems.
GeomBD3 是一款用于生物与工程体系的稳健布朗动力学模拟软件包，可设计、运行并分析不同环境和排列中的天然或人工体系。模拟采用全原子刚性分子模型，配体按过阻尼朗之万动力学扩散，并通过静电、Lennard-Jones 和配体去溶剂化势相互作用。程序可自动计算任意用户定义结合判据下的分子缔合速率、表面停留时间和结合统计，并借助辅助脚本...
Interfacial Modeling of Fibrinogen Adsorption onto LiNbO
为开发下一代蛋白基生物传感器表面，理解功能蛋白与极性基底表面的相互作用至关重要。纤维蛋白原（fibrinogen, FBG）是细胞外基质纤维蛋白，其三维表面同时存在正、负电荷区，使其与极化表面的结合机制难以解释。本研究采用具有表面电荷的 LiNbO3（LNO）单晶单畴基底，考察 FBG 突出极性片段在正、负电荷 LNO 表面的吸附行...
Pillared Graphene Structures Supported by Vertically Aligned Carbon Nanotubes as the Potential Recognition Element for DNA Biosensors.
电化学生物传感器能够检测飞摩尔和皮摩尔浓度分子，是现代生物医学的重要工具。本研究考察由垂直取向碳纳米管支撑的柱状石墨烯结构（VACNT-graphene）作为 DNA 生物传感器潜在识别元件的可行性。作者采用数学建模方法构建不同手性单壁碳纳米管与石墨烯纳米网无缝连接的原子超胞，并计算其生长能量轮廓。进一步选取具有导电性的 VACNT...
Study of the Interactions of Fusarium virguliforme Toxin FvTox1 with Synthetic Peptides by Molecular Simulations and a Label-Free Biosensor.
丝核菌属的土传病原菌 Fusarium virguliforme 引起大豆突然死亡综合征（SDS），可导致大豆严重减产并造成经济损失。已有研究表明，该病原菌产生的 FvTox1 毒素可能是叶部 SDS 的主要致病因子；在转基因大豆中表达抗 FvTox1 单链可变片段抗体可中和参与叶部 SDS 发展的 FvTox1 毒素。本文利用生物...
Design of DNA minor groove binding diamidines that recognize GC base pair sequences: a dimeric-hinge interaction motif.
传统 DNA 小沟结合剂模型要求分子呈新月形以匹配小沟螺旋曲率，但近年发现一些相对线性且二面角扭转较大的化合物也能强结合小沟，这促使研究者考察曲率要求可放宽的程度。作为实验分析的第一步，作者合成了线性三苯基双胍 DB1111 及一系列含氮三环类似物，旨在将 GC 结合选择性引入可进入细胞并发挥生物效应的杂环化合物。这些化合物从胍基碳...