Alternative Approach to Sequence-Specific Recognition of DNA: Cooperative Stacking of Dication Dimers─Sensitivity to Compound Curvature, Aromatic Structure, and DNA Sequence.

ACS chemical biology 2025 Paul A, Terrell JR, Farahat AA, Ogbonna EN 等 8 人

随着已知基因组序列数量与多样性增加，利用可穿膜小分子调控基因表达的机会不断增多。增强小沟结合剂对 DNA 序列的识别能力，有望拓展其在转录因子调控等领域的应用。现有小沟结合剂可识别纯 AT 或 AT/GC 混合序列，但难以区分不同 AT 序列。本文报道了一类可选择性结合含 -TTAA- 或 -TATA- 小沟序列、而非其他 AT 序...

综述或非传感器论文 DNA小沟结合表面等离子共振双胍化合物序列特异性识别

Crystal structure of the HMGA AT-hook 1 domain bound to the minor groove of AT-rich DNA and inhibition by antikinetoplastid drugs.

Scientific reports 2024 Nué-Martinez JJ, Maturana M, Lagartera L, Rodríguez-Gutiérrez JA 等 8 人

高迁移率族（HMG）蛋白是内在无序的核非组蛋白染色质蛋白，通过调控真核细胞中众多基因表达参与多种生物学过程。HMGA蛋白含三个AT-hook基序，优先结合B型DNA小沟中的AT富集序列。理解AT-hook与DNA的相互作用对癌症和寄生虫病相关医学研究具有重要意义。本文报道了HMGA AT-hook 1域与AT富集DNA小沟复合物的首...

表面等离子共振(SPR)生物传感器 HMGA AT-hook 1DNA小沟结合SPR生物传感器抗锥虫药物

Drug design and DNA structural research inspired by the Neidle laboratory: DNA minor groove binding and transcription factor inhibition by thiophene diamidines.

Bioorganic & medicinal chemistry 2022 Ogbonna EN, Paul A, Ross Terrell J, Fang Z 等 8 人

本文报道了受 Neidle 实验室启发的 DNA 小沟结合药物设计研究。作者制备并系统考察了多种双胍衍生物与 5′-GAATTC-3′ 结合位点的相互作用，采用生物传感器-表面等离子共振（SPR）和 X 射线晶体学等方法。苯并咪唑-噻吩模块是优良的小沟识别单元，苯并咪唑-噻吩-苯芳香体系中的中心噻吩可提供匹配 DNA 小沟形状的最佳...

表面等离子共振(SPR)生物传感器 DNA小沟结合双胍PU.1转录因子X射线晶体学

A New Generation of Minor-Groove-Binding-Heterocyclic Diamidines That Recognize G·C Base Pairs in an AT Sequence Context.

Molecules (Basel, Switzerland) 2019 Paul A, Guo P, Boykin DW, Wilson WD

本文综述了一类具有良好溶液性质和细胞摄取能力、可选择性识别DNA中混合A·T与G·C碱基对序列的新型杂环双胍化合物的制备。作者旨在说明这些化合物可作为重要的生物技术试剂，并有望成为比现有药物具有更好性质和发展潜力的治疗候选物。综述介绍了通过修饰AT选择性杂环阳离子来识别混合DNA序列的不同策略：为选择性识别G·C碱基对，必须在AT识...

综述或非传感器论文 DNA小沟结合混合碱基序列识别异环双胍σ-hole

β-Alanine and N-terminal cationic substituents affect polyamide-DNA binding.

Organic & biomolecular chemistry 2017 Liu B, Wang S, Aston K, Koeller KJ 等 10 人

小沟结合发夹多酰胺（PA）可特异性识别DNA序列。合成修饰可提高PA-DNA结合亲和力，包括用β-丙氨酸（β）基团替代吡咯（Py）以引入柔性模块，以及在N端引入阳离子取代基以增加化合物电荷。为理解这些修饰对PA-DNA相互作用动力学和亲和力的影响，作者系统设计和合成了具有不同数量、不同位置β插入以及不同N端阳离子基团的一组PA，使其...

综述或非传感器论文 多酰胺DNA小沟结合表面等离子共振β-丙氨酸

Understanding mixed sequence DNA recognition by novel designed compounds: the kinetic and thermodynamic behavior of azabenzimidazole diamidines.

Biochemistry 2015 Paul A, Chai Y, Boykin DW, Wilson WD

小分子有机化合物对 DNA 的序列特异性识别为外部调控基因表达提供了潜在有效途径，也是细胞生物化学的重要目标。基于已知模块的理性设计可能获得与特定 DNA 序列强而选择性结合的化合物。一种初步策略是从常见的 A·T 碱基对识别分子出发，引入 G·C 识别单元。本文报道了一种合成化合物与 DNA 的相互作用，该化合物利用氮杂苯并咪唑基...

综述或非传感器论文 DNA小沟结合氮杂苯并咪唑二胍表面等离子共振等温滴定量热

Modulation of DNA-polyamide interaction by β-alanine substitutions: a study of positional effects on binding affinity, kinetics and thermodynamics.

Organic & biomolecular chemistry 2014 Wang S, Aston K, Koeller KJ, Harris GD 等 7 人

发夹多聚酰胺（hairpin polyamides, PAs）是一类重要的序列特异性 DNA 小沟结合剂，常引入 β-丙氨酸（β）以降低分子刚性并维持 DNA 识别注册。为系统理解 β 对 DNA–PA 结合亲和力、选择性尤其是动力学的影响，作者以八杂环发夹 PA KA1033 及其 β 衍生物为对象，将其内部吡咯系统性地替换为单个...

综述或非传感器论文 多聚酰胺DNA小沟结合β-丙氨酸取代表面等离子共振

The unusual monomer recognition of guanine-containing mixed sequence DNA by a dithiophene heterocyclic diamidine.

Biochemistry 2014 Munde M, Kumar A, Peixoto P, Depauw S 等 11 人

DB1255是一种对称双胍（diamidine）苯基二噻吩化合物，可通过结合DNA并抑制ERG（ETS家族转录因子）与DNA的结合而表现出细胞活性；ERG常在白血病和前列腺癌中过表达或易位。由于转录因子抑制机制复杂但具有抗癌和抗寄生虫药物开发价值，作者评估了DB1255其他衍生物与DNA的相互作用，以深入理解其复杂功能与抑制的生物物...

综述或非传感器论文 表面等离子共振DNA小沟结合二噻吩双胍DB1255

Structure-dependent binding of arylimidamides to the DNA minor groove.

Chembiochem : a European journal of chemical biology 2014 Chai Y, Munde M, Kumar A, Mickelson L 等 16 人

杂环二胍类化合物是强效DNA小沟结合剂，并具有良好抗寄生虫活性。为拓展此类化合物的生物活性，作者合成了一系列芳基咪酰胺（arylimidamides, AIAs）类似物；与二胍类相比，AIAs在利什曼原虫和克氏锥虫中的摄取更好。研究采用热变性（Tm）、荧光置换滴定、圆二色（CD）、DNase I足迹、生物传感器表面等离子共振（SPR...

综述或非传感器论文 芳基咪酰胺DNA小沟结合表面等离子共振抗寄生虫药物

Design, synthesis, and DNA binding characteristics of a group of orthogonally positioned diamino, N-formamido, pyrrole- and imidazole-containing polyamides.

Bioorganic & medicinal chemistry 2013 Chavda S, Babu B, Patil P, Plaunt A 等 17 人

正交定位的双氨基/双阳离子多胺（PAs）相比单氨基/单阳离子类似物具有更好水溶性、更强结合亲和力，并保持DNA小沟结合与序列特异性。本文报道了f-IPI(3a)、f-IPP(4)、f-PIP(5)和f-PPP(6)的合成及DNA结合特性，其中P表示在杂环N1位连接1-丙基氨基的位置。采用DNase I足迹、热变性、圆二色滴定、生物传...

综述或非传感器论文 多胺DNA小沟结合表面等离子共振序列特异性

Correlation of local effects of DNA sequence and position of β-alanine inserts with polyamide-DNA complex binding affinities and kinetics.

Biochemistry 2012 Wang S, Nanjunda R, Aston K, Bashkin JK 等 5 人

为深入理解β-丙氨酸（β）取代及杂环数目对DNA结合亲和力与选择性的影响，作者研究了八环发夹聚酰胺（PA）及其两个β衍生物和一个六环类似物与同源DNA序列5′-TGGCTT-3′的相互作用，并利用同源DNA和五个突变DNA评估结合选择性与β效应。研究采用互补的能量与结构方法，包括紫外热熔融、生物传感器表面等离子共振（SPR）、等温滴...

表面等离子共振(SPR)生物传感器 聚酰胺DNA小沟结合β-丙氨酸取代结合亲和力

Designed compounds for recognition of 10 base pairs of DNA with two at binding sites.

Journal of the American Chemical Society 2012 Liu Y, Chai Y, Kumar A, Tidwell RR 等 6 人

短 AT 碱基对序列被少量 GC 碱基对分隔，常见于真核寄生虫基因组。能够进入细胞并有效、选择性结合此类序列的化合物，为开发抗寄生虫药物提供了有吸引力的策略。作者设计、合成并评估了含一个或两个 amidine-benzimidazole-phenyl（ABP）基团的对称化合物，利用生物传感器-表面等离子共振（SPR）研究其与相邻 A...

综述或非传感器论文 表面等离子共振DNA小沟结合ABP化合物AT碱基对

DNA minor groove induced dimerization of heterocyclic cations: compound structure, binding affinity, and specificity for a TTAA site.

Journal of molecular biology 2010 Munde M, Kumar A, Nhili R, Depauw S 等 11 人

随着基因组序列信息增加，利用可进入细胞的合成小分子调控基因表达成为可能，但能选择性识别不同 AT 序列的小分子仍有限。多数 DNA 小沟结合剂偏好 AATT 等 A-tract 序列，却难以区分不同 AT 序列。本文围绕 DB293 及其衍生物，研究杂环双胍阳离子在 TTAA 位点诱导二聚体结合的结构基础、结合亲和力与序列特异性。作...

表面等离子共振(SPR)生物传感器 DNA小沟结合TTAA序列识别杂环双胍DB1003

Heterocyclic diamidine interactions at AT base pairs in the DNA minor groove: effects of heterocycle differences, DNA AT sequence and length.

The journal of physical chemistry. B 2008 Liu Y, Collar CJ, Kumar A, Stephens CE 等 6 人

鉴于双胍类化合物作为靶向 DNA 的治疗药物和生物技术试剂日益重要，有必要明确结构相近化合物与不同 AT 序列结合位点相互作用的热力学差异。本研究采用生物传感器-表面等离子共振（SPR）、等温滴定量热（ITC）、圆二色（CD）、热熔融（Tm）和分子建模等方法，系统表征了与 DB75（胍基-苯基-呋喃-苯基-胍基）相关的二价双胍化合物...

表面等离子共振(SPR)生物传感器 双胍化合物DNA小沟结合热力学AT序列

Design of DNA minor groove binding diamidines that recognize GC base pair sequences: a dimeric-hinge interaction motif.

Journal of the American Chemical Society 2007 Munde M, Ismail MA, Arafa R, Peixoto P 等 12 人

传统 DNA 小沟结合剂模型要求分子呈新月形以匹配小沟螺旋曲率，但近年发现一些相对线性且二面角扭转较大的化合物也能强结合小沟，这促使研究者考察曲率要求可放宽的程度。作为实验分析的第一步，作者合成了线性三苯基双胍 DB1111 及一系列含氮三环类似物，旨在将 GC 结合选择性引入可进入细胞并发挥生物效应的杂环化合物。这些化合物从胍基碳...

综述或非传感器论文 DNA小沟结合双胍化合物GC序列识别表面等离子共振