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Drug design and DNA structural research inspired by the Neidle laboratory: DNA minor groove binding and transcription factor inhibition by thiophene diamidines.

Bioorganic & medicinal chemistry 2022 Ogbonna EN, Paul A, Ross Terrell J, Fang Z 等 8 人

本文报道了受 Neidle 实验室启发的 DNA 小沟结合药物设计研究。作者制备并系统考察了多种双胍衍生物与 5′-GAATTC-3′ 结合位点的相互作用,采用生物传感器-表面等离子共振(SPR)和 X 射线晶体学等方法。苯并咪唑-噻吩模块是优良的小沟识别单元,苯并咪唑-噻吩-苯芳香体系中的中心噻吩可提供匹配 DNA 小沟形状的最佳...

表面等离子共振(SPR)生物传感器 DNA小沟结合双胍PU.1转录因子X射线晶体学

Guanidinium binding to proteins: The intriguing effects on the D1 and D2 domains of Thermotoga maritima Arginine Binding Protein and a comprehensive analysis of the Protein Data Bank.

International journal of biological macromolecules 2020 Cozzolino S, Balasco N, Vigorita M, Ruggiero A 等 8 人

本文以嗜热菌 Thermotoga maritima 精氨酸结合蛋白(TmArgBP)为对象。该蛋白因特殊结构特征和潜在生物传感器应用而被广泛研究。作者研究其单体形式 TmArgBP20–233 及两个结构域 D1、D2 对盐酸胍(GuHCl)的构象稳定性。采用圆二色光谱(CD)和差示扫描量热法(DSC)进行化学与热变性分析,发现三...

FGFR1 Kinase Inhibitors: Close Regioisomers Adopt Divergent Binding Modes and Display Distinct Biophysical Signatures.

ACS medicinal chemistry letters 2014 Klein T, Tucker J, Holdgate GA, Norman RA 等 5 人

配体与靶蛋白结合常伴随蛋白和配体构象变化,并影响复合物形成的自由能。本研究以抗癌靶点FGFR1酪氨酸激酶为对象,采用X射线晶体学、等温滴定量热(ITC)和表面等离子共振(SPR)生物传感器分析,系统考察吡唑氨基嘧啶类抑制剂1–3与FGFR1的结合。结构分析显示,化合物1中苯环与吡唑氨基嘧啶核心近似垂直,可与保守水分子及Asp641形...

Structure-dependent binding of arylimidamides to the DNA minor groove.

Chembiochem : a European journal of chemical biology 2014 Chai Y, Munde M, Kumar A, Mickelson L 等 16 人

杂环二胍类化合物是强效DNA小沟结合剂,并具有良好抗寄生虫活性。为拓展此类化合物的生物活性,作者合成了一系列芳基咪酰胺(arylimidamides, AIAs)类似物;与二胍类相比,AIAs在利什曼原虫和克氏锥虫中的摄取更好。研究采用热变性(Tm)、荧光置换滴定、圆二色(CD)、DNase I足迹、生物传感器表面等离子共振(SPR...

Structure of a NADPH-dependent blue fluorescent protein revealed the unique role of Gly176 on the fluorescence enhancement.

Journal of structural biology 2011 Kao TH, Chen Y, Pai CH, Chang MC 等 5 人

本文报道了来自副溶血弧菌CKM-1的NADPH依赖蓝色荧光蛋白BFPvvD8的结构与荧光增强机制。BFPvv在紫外光激发下发射蓝色荧光,此前通过定向进化获得的BFPvvD7突变体荧光强度提高约4倍。作者进一步在D7基础上引入N58Y、A62T和K199R三个突变,获得荧光更强的BFPvvD8。为阐明增强机制,解析了BFPvvD8与N...