In-silico selection of peptides for the recognition of imidacloprid.
本文旨在通过计算筛选低成本肽受体，用于环境中新污染物农药的灵敏检测。作者以蛋白数据银行中 Lymnaea stagnalis 乙酰胆碱结合蛋白 Q55R 突变体与吡虫啉复合物（PDB: 3WTH）为起点，利用 PLIP 分析农药与 A、B、C 链相互作用区，选取三条短肽 YSP09、DRM12 和 WQW13。分子对接显示三者可与吡...
The emerging role of auxins as bacterial signal molecules: Potential biotechnological applications.
微生物在自然生态位中暴露于多种信号分子，特异性识别这些信号会改变其代谢与生理状态。生长素如吲哚-3-乙酸（IAA）是调控植物生长发育的关键植物激素，但生长素合成并不局限于植物，而广泛存在于所有生命界。生长素生产的广泛系统发育分布及其调控细胞过程的多样性，使其成为生命体内重要的界内与界间信号分子，可调控微生物生理、代谢和毒力等。尽管生...
Sensbio: an online server for biosensor design.
基于变构转录因子（aTF）的生物传感器可用于为多种应用构建遗传电路。文献和在线数据库中包含数百个经实验验证的分子-转录因子配对，但相关知识分散且常不完整。此外，与生物体内可产生的化合物数量相比，已知存在TF-化合物相互作用的化合物比例很低。因此，需要新工具帮助研究者发现新的潜在TF-配体配对。本文提出Sensbio，一种计算工具，通...
Use of simplified models for theoretical prediction of the interactions between available antibodies and the receptor-binding domain of SARS-CoV-2 spike protein.
传染病如 COVID-19 对公共卫生和全球经济的负面影响显而易见。该疫情给科学界带来重大挑战，需要开发新的实用分析方法以准确诊断新发病例。由于抗原/抗体相互作用具有选择性和敏感性，亟需基于此类相互作用检测 COVID-19 生物标志物的新方法。在此背景下，理论与计算建模可减少实验工作量并节约资源，用于理性生物传感器设计。本研究提出...