Nanopore-Aware Embedded Detection for Mobile DNA Sequencing: A Viterbi-HMM Design Versus Deep Learning Approaches.

Biosensors 2025 Hammad K, Wu Z, Ghafar-Zadeh E, Magierowski S

基于纳米孔的 DNA 测序可在紧凑移动平台中实现实时分子诊断，但碱基识别（basecalling）将原始纳米孔电流信号转换为核苷酸序列的过程计算复杂，功耗高。深度学习碱基识别器精度高，但需要大量计算资源，不适合便携式生物传感器。本文提出一种嵌入式硬件-软件框架，在定制 64 位 RISC-V 核上实现基于 Viterbi 的隐马尔可...

纳米孔生物传感器 纳米孔测序DNA测序Viterbi-HMMRISC-V

Simulating a

bioRxiv : the preprint server for biology 2025 Chao G, Appleton E, Gutierrez CS, Evgeniou L 等 8 人

多能细胞通过接收外部信号、做出命运决定并执行分化功能而特化为多种细胞类型，这一范式类似计算机算法。尽管生物传感器设计进展使细胞能响应多种刺激，但维持细胞经历合成记忆并据此指导行为的能力仍难以实现。本文开发了一种基于重组酶逐步基因表达程序（STEPs）模拟“for-loop”计数到三的细胞记忆驱动行为系统。STEPs 被基因组整合到人...

综述或非传感器论文 合成生物学重组酶遗传程序细胞记忆荧光报告基因