Computational and structural biotechnology journal
2024
Pham C, Stogios PJ, Savchenko A, Mahadevan R
基于转录因子（TF）的小分子生物传感器可将配体识别与荧光等读出相偶联，是合成生物学中有用的工具，但可用于目标分子的已表征 TF 有限。本研究提出一种基于分子对接的计算工作流，用于定向改变 TF 的配体特异性。作者以 LysR 家族 TF BenM 为对象，通过计算筛选获得单个氨基酸替代位点，将其天然配体 cis,cis-粘康酸（CC...
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
2017
Engelen W, Merkx M
序列特异性响应寡核苷酸输入触发的合成蛋白开关，为寡核苷酸生物分子系统与网络的读出提供了重要工具。本文介绍了一种高度模块化的方法，用于可逆地控制 TEM1-β-内酰胺酶与其抑制剂蛋白 BLIP 之间复合物的 DNA 导向组装与解离。通过将每种蛋白偶联到独特的柄寡核苷酸，加入互补单链 DNA 模板后，酶-抑制剂对通过非共价方式组装，导致...
Microarrays (Basel, Switzerland)
2014
Hospach I, Joseph Y, Mai MK, Krasteva N 等 5 人
细胞因子是反映疾病或特定生理状态的生物标志物，监测体液中的细胞因子谱有助于疾病诊断。本文报道了一种由多种抗细胞因子抗体组成、并采用荧光读出机制的抗体微阵列。研究以促炎细胞因子肿瘤坏死因子α（TNFα）和白细胞介素-6（IL-6）为首要检测对象，重点优化阵列制备中的斑点均一性和斑点尺寸。作者比较了三种功能化玻璃基底：胺基和环氧基二维表...