Mining single-cell time-series datasets with Time Course Inspector.
得益于生物传感器活细胞成像的最新进展，显微实验可产生数千条单细胞时间序列。为识别具有不同时间行为、对应不同细胞命运的亚群，我们开发了时间课程检查器（Time Course Inspector, TCI）——一个用 R/Shiny 编写的独特工具，将时间序列分析与聚类相结合。借助 TCI，用户可以方便地检查时间序列、绘制不同数据视图并...
Visualizing cellular heterogeneity by quantifying the dynamics of MAPK activity in live mammalian cells with synthetic fluorescent biosensors.
有丝分裂原活化蛋白激酶（MAPKs）通过将胞外信息转导为特定生物学反应，调控细胞生长、分化、应激适应和凋亡等多种功能。为理解这些通路的调控机制，需要在活体单细胞水平进行动态定量测量。荧光显微成像适合此类测量，但仍需更灵敏、动态范围更大的生物传感器。作者将酵母中合成的激酶活性转位传感器（SKARS）改造用于哺乳动物细胞，构建了可被人源...