One-Electron Oxidation Potentials and Hole Delocalization in Heterogeneous Single-Stranded DNA.

Biochemistry 2023 Lucia-Tamudo J, Alcamí M, Díaz-Tendero S, Nogueira JJ

研究DNA过程不仅对理解其固有生物学功能，而且对其在诸多创新应用中的作用至关重要。将DNA用作纳米线或电化学生物传感器，需要深入研究沿链电荷转移过程及氧化还原性质。本文对不同异质单链DNA（ss-DNA）的一电子氧化电位和氧化后形成的空穴电荷离域进行了计算研究。作者建立两步方案：首先采用量子力学/分子力学（QM/MM）分子动力学模拟...

综述或非传感器论文 单链DNA一电子氧化电位空穴离域电荷传输

pH-dependent absorption spectra of rhodopsin mutant E113Q: On the role of counterions and protein.

Spectrochimica acta. Part A, Molecular and biomolecular spectroscopy 2017 Xie P, Zhou P, Alsaedi A, Zhang Y

本文采用量子力学/分子力学（QM/MM）混合方法，在分子水平研究了牛视紫红质突变体E113Q在不同pH溶液中的吸收光谱。基于X射线结构建立模型，经分子动力学平衡、ONIOM几何优化和SORCI+Q激发能计算，分析席夫碱质子化（PSB）与去质子化（SB）状态、水分子氢键网络以及Cl-、Na+等反离子的作用。结果表明，E113Q中席夫碱...

综述或非传感器论文 视紫红质E113QQM/MM吸收光谱阴离子生物传感器