Quantification of mRNA Turnover in Living Cells: A Pipeline for TREAT Data Analysis.

Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) 2019 Voigt F, Eglinger J, Chao JA

mRNA 周转在转录后基因表达调控中起重要作用，但单细胞内 mRNA 周转的时空动态仍缺乏基本理解。为克服这一限制，作者开发了 TREAT 生物传感器，利用单 RNA 成像区分完整报告转录本和稳定的降解中间体。本文提出一套图像分析流程，用于半自动检测和追踪单个 mRNA 颗粒。该流程首先对齐双通道图像序列，生成细胞质感兴趣区域，然后...

荧光生物传感器 mRNA周转TREAT单分子荧光成像活细胞成像

The Dynamics of mRNA Turnover Revealed by Single-Molecule Imaging in Single Cells.

Molecular cell 2017 Horvathova I, Voigt F, Kotrys AV, Zhan Y 等 9 人

RNA 降解在基因表达调控中起核心作用。为在单细胞水平刻画 RNA 周转的时空动态，作者开发了一种基于双色单分子 RNA 成像的荧光生物传感器 TREAT。该报告 mRNA 的 3' UTR 中串联 PP7 与 MS2 茎环，并在二者之间插入可阻断 Xrn1 的病毒假结，使完整转录本与稳定的 3' 末端降解中间体可被区分。在固定细胞...

荧光生物传感器 单分子RNA成像mRNA降解TREATP-body