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Ranking Single Fluorescent Protein-Based Calcium Biosensor Performance by Molecular Dynamics Simulations.

Journal of chemical information and modeling 2025 Berksoz M, Atilgan C

遗传编码荧光生物传感器(GEFB)已成为在活体内可视化生物过程的重要工具。典型 GEFB 由感受域(SD)与荧光蛋白(FP)基因融合组成,SD 结合配体或发生酶促反应后构象改变,变构调节色酚环境并改变光谱性质。单荧光蛋白型传感器实验设置简单、单波长操作、易于在活细胞中表达且结构稳定,但 FP 与 SD 之间连接链的长度和残基组成显著...

Structural Analysis of a Genetically Encoded FRET Biosensor by SAXS and MD Simulations.

Sensors (Basel, Switzerland) 2021 Reinartz I, Sarter M, Otten J, Höfig H 等 8 人

受天然信号蛋白模块化结构启发,配体结合蛋白可融合两个荧光蛋白(FP)构建基于 Förster 共振能量转移(FRET)的生物传感器。本研究以葡萄糖传感器为例,将供体与受体荧光蛋白通过不同连接序列连接至葡萄糖结合蛋白,形成多种传感器构象体。对其中三种构象体,利用小角 X 射线散射(SAXS)测量葡萄糖诱导的构象变化,并与已发表的单分子...

Quantitative comparison between sub-millisecond time resolution single-molecule FRET measurements and 10-second molecular simulations of a biosensor protein.

PLoS computational biology 2020 Girodat D, Pati AK, Terry DS, Blanchard SC 等 5 人

分子动力学(MD)模拟旨在以实验相关时间分辨率提供构象动态生物系统的原子级洞察,但模拟时间尺度与单分子荧光测量时间分辨率的限制使二者难以在重叠时间域内定量比较。本文报道了与体外单分子 Förster(荧光)共振能量转移(smFRET)测量时间尺度重叠的氨基酸结合蛋白 LIV-BPSS 的 MD 模拟,时间分辨率达亚毫秒。研究采用经显...

The allosteric site regulates the voltage sensitivity of muscarinic receptors.

Cellular signalling 2018 Hoppe A, Marti-Solano M, Drabek M, Bünemann M 等 6 人

毒蕈碱受体(M-Rs)是 A 类 G 蛋白偶联受体,乙酰胆碱(ACh)结合跨膜螺旋束内的正构位点激活受体。激活状态下,受体功能可被结合于胞外表面的变构调节剂或膜电位调节。本研究比较 M1-R 与 M3-R 的电压调节及其化学变构调节,并利用 Gq 蛋白循环 FRET 生物传感器在单个 HEK293 细胞中定量受体信号。在 ACh 存...