SARS-CoV-2 大流行促使携带多重突变的病毒变体不断出现，尤其是刺突糖蛋白中的突变可增强病毒适应性并可能改变蛋白结构与功能。本文据作者所知首次系统比较了三种不同 SARS-CoV-2 变体在生理 pH 7.4 下单体刺突蛋白 S1 亚基的结构。研究采用多模态方法，整合衰减全反射红外（ATR-IR）光谱、圆二色（CD）光谱等实验...
罗氏沼虾杆状病毒（Macrobrachium rosenbergii nodavirus, MrNV）是引起巨淡水对虾白尾病的主要病毒，造成严重经济损失。本研究考察截短 DNA 适配体 TrAptm-1 对 MrNV 衣壳蛋白单体和三聚体形式的结合特性。分子动力学模拟结合 MM/PBSA 结合自由能计算表明，TrAptm-1 与三聚...
多巴胺与 RNA 结构之间的相互作用对于理解神经递质驱动的 RNA 调控以及生物传感器设计具有重要意义。本文采用全原子分子动力学（MD）模拟，研究多巴胺与 poly(rA)/poly(rU) 复合物在不同浓度下的结合行为。模拟在生理条件下进行，考察了 10、20、30 和 50 个多巴胺分子与一个 poly(A)/poly(U) 复...
遗传编码荧光生物传感器（GEFB）已成为在活体内可视化生物过程的重要工具。典型 GEFB 由感受域（SD）与荧光蛋白（FP）基因融合组成，SD 结合配体或发生酶促反应后构象改变，变构调节色酚环境并改变光谱性质。单荧光蛋白型传感器实验设置简单、单波长操作、易于在活细胞中表达且结构稳定，但 FP 与 SD 之间连接链的长度和残基组成显著...