6 条结果 关键词:分子动力学 ×

Distal Hydrogen-bonding Interactions in Ligand Sensing and Signaling by Mycobacterium tuberculosis DosS.

The Journal of biological chemistry 2016 Basudhar D, Madrona Y, Yukl ET, Sivaramakrishnan S 等 7 人

结核分枝杆菌 DosS 是响应一氧化氮(NO)、一氧化碳(CO)或缺氧而诱导休眠基因的关键组氨酸激酶。这些环境刺激由 DosS 血红素基团感知,引起 DosS 组氨酸残基自磷酸化,随后将磷酸基团转移至响应调节子 DosR 的天冬氨酸残基。为阐明气态配体识别与信号转导机制,作者通过定点突变 Glu-87 和 His-89,研究铁结合 ...

Complex Thermodynamic Behavior of Single-Stranded Nucleic Acid Adsorption to Graphene Surfaces.

Langmuir : the ACS journal of surfaces and colloids 2016 Ranganathan SV, Halvorsen K, Myers CA, Robertson NM 等 6 人

自石墨烯被发现以来,其在电子、材料和医学领域的应用研究迅速增长。其水溶性形式氧化石墨烯因对单链多核苷酸的优先吸附和荧光猝灭特性,在生物传感器中展现出潜力。然而,理性设计此类传感器需要深入理解结合热力学,并最终建立序列特异性结合的预测模型。为此,本文采用等温滴定量热法(ITC)直接测量核苷和寡核苷酸与氧化石墨烯纳米颗粒的结合,并利用结...

Charge-tunable insertion process of carbon nanotubes into DNA nanotubes.

Journal of molecular graphics & modelling 2016 Liang L, Zhang Z, Kong Z, Liu Y 等 7 人

本文报道了不同电荷碳纳米管(CNTs)插入DNA纳米管过程的分子动力学模拟研究。作者指出,控制碳纳米管与生物分子之间的相互作用是其在生物技术中应用的关键。模拟结果表明,CNTs插入DNA纳米管的过程具有电荷可调性:在静电作用与范德华力共同驱动下,正电荷CNTs可在纳秒尺度模拟中自发进入并被限制在DNA纳米管的中空腔内;而负电荷CNT...

Electrically Tunable Quenching of DNA Fluctuations in Biased Solid-State Nanopores.

ACS nano 2016 Qiu H, Girdhar A, Schulten K, Leburton JP

纳米孔可作为检测单链/双链DNA及DNA-蛋白复合物等生物纳米材料的传感器。为提高单分子灵敏度,需要控制生物分子在孔内的运动。本研究针对双链DNA(dsDNA),通过分子动力学模拟考察电偏置金属膜中固态纳米孔内DNA的构象涨落。模拟显示,在正偏压下DNA热涨落明显降低,负偏压仅带来可忽略的稳定作用;正偏压的稳定源于带负电DNA骨架与...

Graphene oxide inhibits hIAPP amyloid fibrillation and toxicity in insulin-producing NIT-1 cells.

Physical chemistry chemical physics : PCCP 2016 Nedumpully-Govindan P, Gurzov EN, Chen P, Pilkington EH 等 9 人

人胰岛淀粉样多肽(hIAPP/amylin)聚集与2型糖尿病(T2D)中胰腺β细胞死亡和胰岛素缺乏相关。由于 T2D 尚无根治方法,开发抗聚集分子以保护β细胞具有重要意义。本研究结合离散分子动力学(DMD)模拟、生物物理表征和细胞毒性实验,评估氧化石墨烯(GO)纳米片抑制 hIAPP 聚集的潜力。DMD 模拟和体外实验表明,GO 可...

Design and evaluation of an apta-nano-sensor to detect Acetamiprid in vitro and in silico.

Journal of biomolecular structure & dynamics 2016 Jokar M, Safaralizadeh MH, Hadizadeh F, Rahmani F 等 5 人

农药残留检测是食品安全的重要问题,亟需准确、快速、低成本的检测手段。本文设计了一种基于适配体(单链DNA,ss-DNA)的比色生物传感器,用于检测啶虫脒(Acetamiprid)。该体系以ss-DNA适配体作为人工识别受体,以绿色合成的银纳米粒子(AgNPs)作为光学信号载体,以氯化钠(NaCl)作为AgNPs聚集诱导剂。优化后采用...