肺腺癌（LUAD）是癌症死亡主因之一。神经紧张素受体1（NTSR1）在LUAD中过表达并与不良预后相关，但治疗潜力未充分探索。本研究用多数据库生物信息学评估NTSR1表达、预后、遗传改变及免疫微环境关联，并以ONE-GO生物传感器、SPR、PRESTO-Tango和细胞内ELISA证实莲心碱（liensinine）特异性抑制NTSR...
单纯疱疹病毒1型和2型（HSV-1、HSV-2）分别引起口腔和生殖器疱疹，全球感染率高。ELISA、实时PCR和细胞学检测等传统方法昂贵且耗时。本研究旨在设计一种特异性G-四链体适配体，用于快速、简便检测HSV-1和HSV-2。作者利用生物信息学工具针对HSV-1/HSV-2糖蛋白gD设计适配体，并通过二级/三级结构稳定性评分和分子...
基于变构转录因子（aTF）的生物传感器可用于为多种应用构建遗传电路。文献和在线数据库中包含数百个经实验验证的分子-转录因子配对，但相关知识分散且常不完整。此外，与生物体内可产生的化合物数量相比，已知存在TF-化合物相互作用的化合物比例很低。因此，需要新工具帮助研究者发现新的潜在TF-配体配对。本文提出Sensbio，一种计算工具，通...
本研究开发了一种寡核苷酸DNA探针，用于DNA电化学生物传感器，以早期诊断新型冠状病毒感染（COVID-19）。作者首次将严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）N基因区域的病毒microRNA（miRNA）作为特异性检测靶标，并据此设计互补DNA探针。研究采用基本局部比对搜索工具（BLAST）、CLUSTLW多序列比对...
肌酸（Cr）是一种广泛存在的非蛋白氨基酸，主要在肝脏、肾脏和胰腺中合成，并主要分布于高能量需求组织。肌酸通过钠/氯依赖性肌酸转运体（CRT）进入靶细胞，细胞内肌酸激酶（CK）催化镁-ATP与肌酸之间的可逆磷酸基团转移，生成磷酸肌酸（PCr）和镁-ADP。本文旨在利用公共数据库、数据仓库和生物信息学工具，对肌酸代谢的最新研究进行系统综...
直接结合生物活性小分子的靶蛋白鉴定对于阐明小分子作用机制和分子水平生物学现象具有重要意义。T7噬菌体展示技术可在T7噬菌体衣壳上展示随机肽库，从而全面筛选识别小分子的氨基酸序列。本文描述了一种将T7噬菌体展示与石英晶体微天平（QCM）生物传感器相结合的亲和筛选平台，并辅以生物信息学分析，用于鉴定识别小分子的短肽。该方法无需反复多轮生...
热四膜虫是一种纤毛原生动物，可用作检测淡水重金属污染的全细胞生物传感器。本研究采用系统生物信息学方法，预测并分析热四膜虫中必需金属锌、铜以及非必需金属镉的金属蛋白组。通过整合蛋白质数据库中的金属结合结构域、金属结合模式及基因组注释信息，共鉴定出3784个潜在金属结合蛋白，显著多于UniProt中已注释的456个。研究进一步对这些新鉴...
抗体是重要的生物药物，但存在药代动力学不佳、免疫原性高和生产成本高等局限。高亲和力和高特异性的合成肽可作为抗体的替代，但目前缺乏指导此类肽设计的计算工具。本文提出一种基于表位-表位点相互作用（EPI）模式的计算设计方法。作者利用界面相互作用残基（I2R）方法，从蛋白质数据银行中的抗体-抗原复合物结构中提取参与分子相互作用的残基，并将...