Small-molecule binding and sensing with a designed protein family.
从头设计小分子结合蛋白有望按需开发任意小分子传感器。本研究结合深度学习与基于物理的方法，生成具有多样且可设计口袋几何结构的 NTF2 样蛋白家族，并用于计算设计针对六种小分子靶标的结合蛋白。生物物理表征显示，所设计结合蛋白具有纳摩尔至低微摩尔结合亲和力，且设计精度达到原子水平。作者进一步利用皮质醇结合蛋白构建化学诱导二聚化（CID）...
Computational design of G Protein-Coupled Receptor allosteric signal transductions.
膜受体将胞外刺激转化为胞内信号，但其分子机制仍不清楚。本文报道了一种用于设计蛋白别构信号功能的计算方法。该方法结合分子动力学模拟与 Rosetta 设计计算，在别构位点工程化氨基酸“微开关”，通过调节受体构象稳定性或长程结构耦合，重新编程特定信号特性。作者设计了 36 个多巴胺 D2 受体变体，其组成型活性和配体诱导信号与预测高度一...
Redesign of the PAK1 autoinhibitory domain for enhanced stability and affinity in biosensor applications.
p21-激活激酶1（PAK1）的抑制开关（IS）域通过与激酶域结合，将全长 PAK1 稳定于非活性构象；小分子鸟苷三磷酸酶（GTPase）竞争性结合 IS 域可破坏自抑制并暴露激酶域表面的 IS 结合位点。为构建能选择性识别激活态 PAK1 的亲和试剂，作者利用分子建模对分离的 IS 域进行重新工程，使其可溶、稳定、不结合 GTPa...