基于转录因子（TF）的小分子生物传感器可将配体识别与荧光等读出相偶联，是合成生物学中有用的工具，但可用于目标分子的已表征 TF 有限。本研究提出一种基于分子对接的计算工作流，用于定向改变 TF 的配体特异性。作者以 LysR 家族 TF BenM 为对象，通过计算筛选获得单个氨基酸替代位点，将其天然配体 cis,cis-粘康酸（CC...
全氟和多氟烷基物质（PFAS）是一类具有表面活性与疏水疏油性的合成含氟化合物，因碳-氟键稳定而生物半衰期长，已在人体和环境水体中广泛累积。由于人类主要通过摄入接触 PFAS，亟需快速检测饮用水和农业用水中的 PFAS。本文提出一种基于人肝脏脂肪酸结合蛋白（hLFABP）的荧光生物传感器设计策略，用于快速检测 PFAS。通过在配体结合...
溶质结合蛋白（SBP）在配体结合亲和力、热稳定性与构象变化之间形成平衡，可用于小分子运输、传感与趋化。尽管SBP的配体诱导构象变化使其适合作为生物传感器元件，但对其进行蛋白质工程改造难度较大。本研究通过理性设计与计算设计，将一种D-丙氨酸特异性SBP改造为对信号分子D-丝氨酸具有选择性的荧光传感器D-serFS。该传感器通过结合位点...
甘氨酸参与多种生理功能，例如在中枢神经系统中作为神经递质；肌氨酸则被鉴定为在前列腺癌进展和转移过程中显著升高的差异代谢物。为建立检测这些小分子非手性氨基酸的专用分析系统，作者对枯草芽孢杆菌甘氨酸氧化酶（GO）进行蛋白质工程改造。基于分子对接分析，在 11 个活性位点位置独立进行位点饱和突变，共分析 16 个单点突变 GO 变体。A5...