生物元件（bio-elements）的理性设计、活性预测与自适应应用是合成生物学的重要研究方向。当前该领域的主要挑战在于如何高效设计所需生物元件，并利用海量数据准确预测其活性。人工智能（AI）技术的发展使机器学习和深度学习算法能够在生物元件数据中挖掘规律并预测其性能。本综述探讨了 AI 算法在生物元件理性设计、活性预测以及利用 AI...
转录因子（TF）生物传感器是代谢工程中的有力工具，但适用于多种生物生产目标的 TF 生物传感器仍然有限。本研究对来自鼠伤寒沙门氏菌的 1,2-丙二醇（1,2-PD）响应转录激活因子 PocR 进行异源表征与工程化，以扩充现有生物传感器工具箱。在大肠杆菌中，PocR 的操作范围和动态范围显著受限，主要归因于缺乏 1,2-PD 诱导剂时...
基于转录因子（TF）的小分子生物传感器可将配体识别与荧光等读出相偶联，是合成生物学中有用的工具，但可用于目标分子的已表征 TF 有限。本研究提出一种基于分子对接的计算工作流，用于定向改变 TF 的配体特异性。作者以 LysR 家族 TF BenM 为对象，通过计算筛选获得单个氨基酸替代位点，将其天然配体 cis,cis-粘康酸（CC...
葡萄糖酸（GA）是一种高附加值化学品，可用于食品添加剂、抗癌药物和聚合物等。GA 生物合成过程中存在天然的非遗传细胞间差异，培养体系中同时存在高产和低产细胞，低产细胞会浪费营养并降低生产效率；此外，myo-肌醇加氧酶（MIOX）是 GA 合成的关键限速酶，但稳定性和活性较低。为此，本研究基于 GA 生物传感器和四环素外排泵蛋白 Te...