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Design of stable and self-regulated microbial consortia for chemical synthesis.

Nature communications 2022

微生物共培养工程已成为生物制造的一种有前景策略。稳定性和自调控是构建本征鲁棒、可放大应用的共培养体系的关键挑战。本文提出利用多代谢物交叉喂养(MMCF)在菌株间建立紧密关联,并给出选择合适代谢分支的设计规则,从而获得本征稳定的双菌株共培养体系,其种群组成和产物滴度对初始接种比例不敏感。通过引入中间物响应生物传感器,共培养微生物种群可...

Genetically Encoded Biosensor-Based Screening for Directed Bacteriophage T4 Lysozyme Evolution.

International journal of molecular sciences 2020

溶菌酶是研究蛋白质结构与功能关系的经典模型蛋白,近期也被用于加速以细菌为主的二级污泥降解,但针对溶菌酶工程化的高通量筛选系统尚未见报道。本文建立了一种基于遗传编码生物传感器的T4溶菌酶(T4L)筛选系统。作者将T4L基因克隆至araBAD启动子(PBAD)控制的质粒中,并在大肠杆菌DH5α中实现可溶性表达,且未对细胞生长产生毒性。进...

Acclimation of bacterial cell state for high-throughput enzyme engineering using a DmpR-dependent transcriptional activation system.

Scientific reports 2020 Kwon KK, Yeom SJ, Choi SL, Rha E 等 8 人

基于遗传电路的生物传感器已成为合成生物学中筛选新型生物催化剂和代谢途径的有效分析工具。σ54 依赖性转录因子(TF)相较于多数管家型 σ70 转录因子具有本底沉默特性,可作为此类生物传感器的有价值元件。本文表明,σ54 依赖性 TF 的独特性质可用于调控宿主细胞状态,使其更适合高通量筛选。作者利用鸟苷(五)四磷酸((p)ppGpp)...

全细胞生物传感器 遗传电路DmpRσ54酶工程

The Y233 gatekeeper of DmpR modulates effector-responsive transcriptional control of σ

Environmental microbiology 2019 Seibt H, Sauer UH, Shingler V

DmpR 是 Pseudomonas putida 中参与(甲基)酚分解代谢基因的必需转录激活因子,属于 AAA+ 机械转录调节子,通过 ATP 水解结合并重塑 σ54-RNA 聚合酶以启动转录。先前工作表明,DmpR 结合酚类效应物是解除域间抑制、允许 ATP 结合触发活性多聚体构象转变的前提,且连接效应物结合域与 ATP 结合域...

An effective strategy for a whole-cell biosensor based on putative effector interaction site of the regulatory DmpR protein.

PloS one 2012 Gupta S, Saxena M, Saini N, Mahmooduzzafar 等 6 人

本文报道了一种基于 DmpR 蛋白效应物结合位点突变的全细胞生物发光细菌传感器,用于快速灵敏检测环境中生物可利用酚。作者以 Pseudomonas sp. CF600 的 DmpR 基因及其 Pr/Po 启动子/操纵子为识别调控元件,以萤火虫 luc 基因为报告基因,构建 pRLuc 系列质粒。通过 LIGSITE 预测 DmpR ...