CUTS RNA Biosensor for the Real-Time Detection of TDP-43 Loss-of-Function.
TDP-43 功能障碍与多种神经退行性疾病相关，亟需实时定量其功能缺失（LOF）的工具。本文开发 CUTS（CFTR-UNC13A TDP-43 Loss-of-Function）系统，将 TDP-43 调控的隐蔽外显子与报告基因偶联，通过活细胞显微镜及 RNA/蛋白检测追踪 TDP-43 LOF。CUTS 可检测 TDP-43 错...
Toehold switch based biosensors for sensing the highly trafficked rosewood
核酸传感是病原检测、单细胞转录组分析等领域的重要方向，但传统 PCR、测序及其衍生方法在速度、成本、复杂性和特异性方面存在局限。趾突开关（toehold switch）是一类 RNA 传感装置，其合成传感 mRNA 含有被发夹结构遮蔽的核糖体结合位点（RBS）和起始密码子；当目标触发 RNA 与传感序列互补配对时，发夹结构打开，暴露...
A synthetic RNA-based biosensor for fructose-1,6-bisphosphate that reports glycolytic flux.
基于RNA的胞内代谢物传感器是应对代谢异质性的有前景工具，但将体外筛选适配体转化为体内功能性传感器仍具挑战。本文针对糖酵解通量信号代谢物果糖-1,6-二磷酸（FBP），通过SELEX筛选获得FBP结合RNA适配体C45，并将其与锤头核酶（HHRz）执行域融合，构建多种RNA装置库。利用酿酒酵母中FACS高通量分选、下一代测序以及遗传...
A Fluorogenic RNA-Based Sensor Activated by Metabolite-Induced RNA Dimerization.
Corn是一种荧光RNA适配体，可形成高亲和力准对称同源二聚体；其二聚体界面结合DFHO后产生高度光稳定的黄色荧光。由于光漂白会限制RNA小分子生物传感器的定量准确性，Corn的光稳定性使其适用于此类传感器。本文提出将组成型Corn二聚体转化为小分子调控荧光生物传感器的策略，用于在体外和活细胞中检测S-腺苷甲硫氨酸（SAM）。作者将...
Detection of the First Round of Translation: The TRICK Assay.
定量荧光显微技术常用于回答基础生物学问题。单分子RNA成像方法使研究者能够在活细胞中直接观察mRNA生命周期的初始步骤，但调控mRNA翻译的动态机制仍不清楚。作者开发了一种RNA生物传感器，可在活细胞中以时空分辨方式评估单个mRNA转录本的翻译状态。TRICK（translating RNA imaging by coat prot...
TRICK: A Single-Molecule Method for Imaging the First Round of Translation in Living Cells and Animals.
信使核糖核酸（mRNA）在细胞内的生命周期具有高度动态性。单分子荧光显微成像技术的发展使研究者能够在活细胞中直接观察 RNA 的代谢过程，而活细胞多色 RNA 成像的进步进一步提高了对 RNA 代谢细节的解析能力。本章概述了翻译 RNA 成像衣壳蛋白敲除（TRICK）RNA 生物传感器的设计与实施方法。TRICK 利用核糖体在首轮翻...
RNA-Based Fluorescent Biosensors for Live Cell Imaging of Second Messenger Cyclic di-AMP.
环二腺苷酸（cdiA）是一种预测广泛存在于革兰氏阳性菌、部分革兰氏阴性菌和古菌中的第二信使。在人类病原体单核细胞增生李斯特菌中，cdiA 是调控代谢功能和细胞壁稳态的关键分子，其水平降低会增加抗生素敏感性。作者通过将 Spinach2 适配体与 cdiA 核糖开关的配体结合域融合，构建了 cdiA 荧光生物传感器。该传感器用于在活的...
Translation. An RNA biosensor for imaging the first round of translation from single cells to living animals.
活细胞单分子分析为基本生物学过程动力学提供了定量见解，但信使RNA（mRNA）翻译的动态过程仍未得到充分解析。作者开发了一种基于荧光显微镜的RNA生物传感器技术，用于报告单个mRNA分子的首轮翻译事件。该技术利用正交噬菌体PP7和MS2茎环分别标记报告转录本的编码区和3′非翻译区，并分别结合带核定位序列的PP7衣壳蛋白-GFP（NL...