10.1039/d0ra09123e
严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）通过刺突蛋白受体结合域（RBD）结合宿主ACE2受体完成感染。本研究以阻断RBD-ACE2结合为目标，对12条候选肽进行计算筛选，利用原子尺度分子动力学模拟评估其与RBD的结合能力、氢键作用、RMSD及水溶液稳定性，并通过伞形采样平均力势（PMF）计算验证结合。结果显示肽6和肽7兼...
Modeling the Adsorption of the miR-29a Cancer Biomarker on a Graphene Quantum Dot.
微小RNA（miRNAs）是一类约22个核苷酸的小非编码RNA，参与真核生物基因表达调控，并因在癌症发生发展中发挥作用而成为潜在癌症生物标志物。miRNA检测技术快速发展，但有效提取方法仍不足，尤其针对短链miRNA。石墨烯量子点（GQDs）已用于多种疾病生物传感器平台，包括miRNA检测，但尚未研究其用于miRNA提取。miRNA...
Structural Analysis of a Genetically Encoded FRET Biosensor by SAXS and MD Simulations.
受天然信号蛋白模块化结构启发，配体结合蛋白可融合两个荧光蛋白（FP）构建基于 Förster 共振能量转移（FRET）的生物传感器。本研究以葡萄糖传感器为例，将供体与受体荧光蛋白通过不同连接序列连接至葡萄糖结合蛋白，形成多种传感器构象体。对其中三种构象体，利用小角 X 射线散射（SAXS）测量葡萄糖诱导的构象变化，并与已发表的单分子...
Computational design of single-stranded DNA hairpin aptamers immobilized on a biosensor substrate.
适配体与附着表面的相互作用是适配体生物传感器设计与性能的核心。本文建立了一种计算建模方法，用于研究不同系统设计，包括适配体连接端、表面密度、取向和溶剂条件，并将其应用于固定在二氧化硅（SiO2）生物传感器基底上的抗MUC1单链DNA发夹适配体。MUC1是上皮癌早期检测的重要生物标志物，抗MUC1适配体为23个核苷酸的DNA发夹结构，...
CHARMM force field generation for a cationic thiophene oligomer with ffTK.
本研究针对具有生物分子传感潜力的阳离子噻吩低聚物 N,N,N-三甲基-3-(4-甲基噻吩-3-基氧基)丙烷-1-铵，生成了与其分子动力学模拟兼容的 CHARMM 力场参数。作者采用 VMD 中的 ffTK 插件，并结合 Gaussian09 量子化学计算，确定 Lennard-Jones 参数、部分电荷、键、角和二面体参数。随后，对...
Recent advances in computational methods for biosensor design.
生物传感器是广泛应用于医疗诊断、食品质量控制和环境监测的分析工具，其设计需要兼顾成本、效率与功能提升。实验方法在生物传感器开发中已取得重要进展，但酶、蛋白质、肽、抗体和适配体等识别元件仍存在稳定性、寿命、制备成本、样品基质干扰及温度/pH敏感性等不足。计算设计被提出为弥补实验局限的关键途径，需要可靠的生物传感器各段结构预测、稳定性分...