5 条结果 关键词:分子动力学 ×

Rational backbone redesign of a fructosyl peptide oxidase to widen its active site access tunnel.

Biotechnology and bioengineering 2020

果糖肽氧化酶(FPOX)目前用于酶法检测血液样本中糖化血红蛋白和糖化白蛋白的浓度,二者是糖尿病的生物标志物。然而,FPOX 不能直接作用于糖化蛋白,因此现有酶法检测需要先对目标蛋白进行蛋白水解消化。为提高糖尿病检测酶法的速度并降低成本,本研究采用理性设计策略,结合 Rosetta 设计和分子动力学模拟,工程化改造一种具有更宽催化位点...

Graphite/gold nanoparticles electrode for direct protein attachment: characterization and gas sensing application.

Environmental science and pollution research international 2020 Shayeh JS, Sefidbakht Y, Omidi M, Yazdian F 等 5 人

本研究通过简便化学法制备石墨/金纳米颗粒(G/AuNPs)电极,并优化其用于直接固定蛋白的电化学一氧化碳(CO)检测。石墨电极经 HNO3/H2SO4 酸处理引入含氧官能团,再在 HAuCl4·3H2O/NaBH4 体系中原位还原沉积 AuNPs,平均粒径约 60 nm。随后用 1-、3-、6- 和 11-巯基丙酸(MPA)修饰电极...

Docking and Molecular Dynamics Predictions of Pesticide Binding to the Calyx of Bovine β-Lactoglobulin.

International journal of molecular sciences 2020 Cortes-Hernandez P, Vázquez Nuñez R, Domínguez-Ramírez L

农药在农业中广泛使用,食品中的农药残留必须监测以防止毒性。牛乳中含量最高的蛋白质β-乳球蛋白(BLG)在其中央结合口袋(calyx)中对多种疏水配体具有较高亲和力,而许多常用农药具有疏水性。为预测BLG是否可能成为农药的非预期载体,作者对555种农药及其异构体共889个化合物进行了刚性分子对接筛选,并重点分析60个属于世界卫生组织五...

Computational approach and electrochemical measurements for protein detection with MIP-based sensor.

Biosensors & bioelectronics 2020 Mazouz Z, Mokni M, Fourati N, Zerrouki C 等 11 人

快速准确检测生物流体中的蛋白质在生物医学环境中日益重要,目前通常依赖集中实验室的自动化平台完成。本研究结合分子动力学计算与实验方法,建立了基于聚吡咯(PPy)分子印迹聚合物(MIP)的电化学生物传感器,用于蛋白质检测,并以前列腺特异性抗原(PSA)为模板模型。计算表明,对于任意PPy构象和蛋白中任意氨基酸位置,PSA分子均能稳定嵌入...

Computational design of G Protein-Coupled Receptor allosteric signal transductions.

Nature chemical biology 2020 Chen KM, Keri D, Barth P

膜受体将胞外刺激转化为胞内信号,但其分子机制仍不清楚。本文报道了一种用于设计蛋白别构信号功能的计算方法。该方法结合分子动力学模拟与 Rosetta 设计计算,在别构位点工程化氨基酸“微开关”,通过调节受体构象稳定性或长程结构耦合,重新编程特定信号特性。作者设计了 36 个多巴胺 D2 受体变体,其组成型活性和配体诱导信号与预测高度一...