12 条结果 关键词:分子对接 ×

Bioinformatics design of peptide binding to the human cardiac troponin I (cTnI) in biosensor development for myocardial infarction diagnosis.

PloS one 2024 Jauhar MM, Damairetha FR, Mardliyati E, Ulum MF 等 9 人

心血管疾病每年导致约47万例死亡,其中心肌梗死占49.2%,人肌钙蛋白I(cTnI)是诊断心肌梗死的关键生物标志物。基于肽的生物识别元件具有合成容易、成本低、稳定性好和分子量小等优点,是开发快速、高效、选择性cTnI检测方法的潜在候选,但相关研究仍不足。为此,本研究采用生物信息学方法设计新的cTnI生物传感器候选肽,并提出新的计算优...

An in silico design method of a peptide bioreceptor for cortisol using molecular modelling techniques.

Scientific reports 2024 Deshpande P, De D, Badhe Y, Tallur S 等 6 人

皮质醇是评估压力的可靠生物标志物,推动通过外泌汗液检测它的可穿戴传感器研究。由于汗液中皮质醇含量极低,通常为8–140 ng/mL,开发此类生物传感器需要具有合适灵敏度和选择性的生物受体。本文提出一种系统仿生方法和半自动高通量筛选工具,用于快速选择生物受体,替代从头计算肽学设计。首先从蛋白质数据库筛选候选蛋白,通过分子对接和Auto...

Production of codon-optimized Factor C fragment from Tachypleus gigas in the Pichia pastoris GS115 expression system for endotoxin detection.

Journal, genetic engineering & biotechnology 2023 Bachtiar Z, Mustopa AZ, Astuti RI, Fauziyah F 等 12 人

Factor C(FC)是内毒素检测常用标准材料,作为酶原丝氨酸蛋白酶可充当检测脂多糖(LPS)的生物传感器。前期模拟显示 FC 的 C 型凝集素结构域(CLECT)与脂质 A 相互作用。本研究通过蛋白建模、分子对接、分子动力学模拟及 pPIC9K 载体构建,评估 FC 片段与脂质 A 的相互作用稳定性。三个建模网站所得 FC 模型...

Protegrin-2, a potential inhibitor for targeting SARS-CoV-2 main protease M

Computational and structural biotechnology journal 2023 Jan Z, Geethakumari AM, Biswas KH, Jithesh PV

本研究旨在寻找针对 SARS-CoV-2 主蛋白酶 Mpro(3CL protease)的有效抑制剂,以应对持续传播的病毒变异株。作者从抗菌肽数据库筛选约 200 个抗菌肽,采用分子对接、过敏原性和毒性预测等计算方法进行初筛,并选取候选肽进行实验验证。分子对接显示天然抗菌肽 Protegrin-2 与 Mpro 变构位点具有较高结合...

Rational Design of Peptides Derived from Odorant-Binding Proteins for SARS-CoV-2-Related Volatile Organic Compounds Recognition.

Molecules (Basel, Switzerland) 2022 Wang J, Sakai K, Kiwa T

肽类分子是生物传感器中极具潜力的识别元件。本研究以昆虫气味结合蛋白(odorant-binding proteins, OBPs)为模板,理性设计了一系列用于识别SARS-CoV-2相关挥发性有机化合物(VOCs)的短肽。研究选取乙醇、壬醛、苯甲醛、乙酸和丙酮作为新冠感染呼出气中的代表性VOC标志物,利用分子对接、结构预测和序列分析...

Interactions of a biological macromolecule with thermotropic liquid crystals: Applications of liquid crystals in biosensing platform.

Spectrochimica acta. Part A, Molecular and biomolecular spectroscopy 2022 Kalita P, Singh RK, Bhattacharjee A

本文报道了一种基于4'-辛基-4-联苯腈(8CB)热致液晶的生物传感器,利用生物大分子牛血清白蛋白(BSA)在8CB界面的吸附实现检测。BSA的检测通过偏光显微镜(POM)观察8CB分子指向矢构型的变化完成;该构型转变由非共价相互作用驱动。在100 μM BSA浓度下,该方法表现出较高灵敏度。分子对接研究进一步阐明了8CB与BSA之...

Potential liquid crystal-based biosensor depending on the interaction between liquid crystals and proteins.

Spectrochimica acta. Part A, Molecular and biomolecular spectroscopy 2021 Kalita P, Shukla SS, Singh RK, Bhattacharjee A

液晶生物传感器可作为检测生物分子和化学事件的有效、简单且早期检测工具。本文以室温向列相液晶4'-戊基-4-联苯碳腈(5CB)为传感与换能材料,研究其对溶液中人血清白蛋白(HSA)的检测。作者采用偏光显微镜(POM)、温度依赖拉曼光谱和分子对接等多种技术,考察HSA存在下5CB指向矢重构及界面取向变化。POM结果显示,HSA加入后,5...

Ultra-low concentration protein detection based on phenylalanine-Pd/SWCNT as a high sensitivity nanoreceptor.

RSC advances 2020 Yoosefian M, Etminan N, Juan A, Mirhaji E

本文提出一种基于钯掺杂单壁碳纳米管(Pd/SWCNT)与苯丙氨酸(Phe)复合的纳米受体,用于蛋白质检测。采用 DFT/B3LYP 方法计算优化几何结构、能量和电子密度参数,以评估该纳米受体的稳定性与反应性。在不同吸附构型中,苯丙氨酸的氨基和羧基位点具有较高吸附能,形成更稳定的复合物。苯丙氨酸通过直接强化学吸附结合到 Pd 掺杂 S...

Interfering with the high-affinity interaction between wheat amylase trypsin inhibitor CM3 and toll-like receptor 4: in silico and biosensor-based studies.

Scientific reports 2017 Cuccioloni M, Mozzicafreddo M, Bonfili L, Cecarini V 等 9 人

小麦淀粉酶/胰蛋白酶双功能抑制剂(ATIs)是天然免疫反应的蛋白刺激物,近年被证实可促进胃肠道及肠外炎症综合征。这些蛋白通过激活 Toll 样受体 4(TLR4)触发下游肠道炎症,而 TLR4 可激活信号通路并诱导免疫与促炎基因表达。本研究证明,ATIs 能以纳摩尔亲和力直接与 TLR4 相互作用,并采用表面等离子共振结合分析与计算...

Ligands binding and molecular simulation: the potential investigation of a biosensor based on an insect odorant binding protein.

International journal of biological sciences 2015 Yi X, Zhang Y, Wang P, Qi J 等 6 人

本研究以模拟生物嗅觉为出发点,探索一种昆虫气味结合蛋白(OBP)作为生物传感器识别元件的基本特性。作者对斜纹夜蛾 SlitOBP1 进行同源建模,并利用分子对接模拟其与 1,536,550 种化合物的结合模式,以评估其广谱配体识别能力。通过重组表达获得大量纯化 SlitOBP1,克服了天然传感材料获取困难。荧光结合实验表明,该蛋白对...

Epigallocatechin-3-gallate potently inhibits the in vitro activity of hydroxy-3-methyl-glutaryl-CoA reductase.

Journal of lipid research 2011 Cuccioloni M, Mozzicafreddo M, Spina M, Tran CN 等 7 人

羟甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR)是胆固醇合成的限速酶,因其在降胆固醇药物开发中的重要性,研究者已筛选多种可调节其活性的化合物。多酚提取物常作为他汀类药物的替代或辅助降胆固醇手段,但其作用机制尚未完全阐明。本研究对绿茶中含量最高的儿茶素表没食子儿茶素没食子酸酯(EGCG)调节 HMGR 的机制进行了详细的动力学与平衡研究。通过光谱...

Mechanism of inhibition of wt-dihydrofolate reductase from E. coli by tea epigallocatechin-gallate.

Proteins 2008 Spina M, Cuccioloni M, Mozzicafreddo M, Montecchia F 等 8 人

二氢叶酸还原酶(DHFR)是广泛存在于生物体中的酶,参与 DNA 合成、细胞分裂及癌症抑制等重要过程,其调控一直是结构、动力学和药理学研究的重点。此前研究表明,绿茶儿茶素是牛肝和鸡肝 DHFR 的强效抑制剂。本文报道了来自大肠杆菌的野生型 DHFR 被表没食子儿茶素没食子酸酯(EGCG)抑制的动力学结果。作者采用酶动力学、生物传感器...