8 条结果 关键词:分子对接 ×

RACK1 (receptor for activated C-kinase 1) interactions with spectrin repeat elements.

Journal of molecular recognition : JMR 2015 Myklebust LM, Horvli O, Raae AJ

激活的蛋白激酶C受体1(RACK1)是广泛保守的细胞内支架蛋白,参与细胞发育、增殖、黏附、运动、凋亡、应激反应及转录翻译调控等信号通路。细胞骨架中的谱蛋白(spectrin)形成肌动蛋白-谱蛋白网络,为细胞组分提供对接表面。本研究利用表面等离子共振(SPR)生物传感器技术和分子对接分析,考察RACK1与α-谱蛋白链中单个重复单元R1...

表面等离子共振(SPR)生物传感器 RACK1谱蛋白重复蛋白-蛋白相互作用结合动力学

Quercetin Influences Quorum Sensing in Food Borne Bacteria: In-Vitro and In-Silico Evidence.

PloS one 2015 Gopu V, Meena CK, Shetty PH

群体感应在调控许多食源性病原菌毒力因子中起重要作用,造成严重公共卫生风险。因此,中断群体感应信号通路可能是对抗微生物感染的有吸引力策略。本研究使用生物传感器菌株评估槲皮素对食源性病原菌的群体感应抑制活性和抗生物膜特性,并采用分子对接和分子动力学模拟等计算机模拟技术筛选槲皮素作为群体感应抑制剂的潜力。槲皮素(80 μg/ml)以浓度依...

Computer-aided design of aptamers for cytochrome p450.

Journal of structural biology 2015 Shcherbinin DS, Gnedenko OV, Khmeleva SA, Usanov SA 等 12 人

适配体是具有稳定空间结构、可高亲和力和特异性结合靶标的短单链 DNA 或 RNA 寡核苷酸,通常通过 SELEX 实验筛选。本文提出一种用于蛋白靶标的计算机辅助适配体设计方法,包括三步:首先通过分子对接和结构分析寻找潜在结合位点;其次分别设计负责靶标识别的短序列和维持识别区构象的结构部分;最后通过分子动力学模拟和 MM–PBSA/N...

Environmental pollutants directly affect the liver X receptor alpha activity: Kinetic and thermodynamic characterization of binding.

The Journal of steroid biochemistry and molecular biology 2015 Mozzicafreddo M, Cuccioloni M, Bonfili L, Cecarini V 等 11 人

肝X受体(LXR)是一类配体激活的转录因子,主要参与胆固醇稳态、胆汁酸和甘油三酯代谢,并可通过直接调控肝脏葡萄糖激酶参与葡萄糖代谢。已有研究证明药物、工业副产物和化学品等外源因素可调节其活性。鉴于这些合成分子在环境中广泛存在且LXR具有明确的靶点作用,作者采用整合策略,将计算机分子对接与光学表面等离子共振(SPR)生物传感器结合研究...

表面等离子共振(SPR)生物传感器 肝X受体α环境污染物分子对接结合动力学

Computational selection of RNA aptamer against angiopoietin-2 and experimental evaluation.

BioMed research international 2015 Hu WP, Kumar JV, Huang CJ, Chen WY

血管生成在肿瘤生长与转移中起关键作用,血管生成素-2(Ang2)因在调节血管生成中的独特作用而受到关注。本研究提出一种计算模拟方法,用于筛选对Ang2具有高结合能力的RNA适配体。作者基于文献中通过系统进化指数富集(SELEX)获得的Ang2适配体序列,利用Discovery Studio 3.5中的ZDOCK和ZRANK算法进行适...

表面等离子共振(SPR)生物传感器 RNA适配体血管生成素-2分子对接ZRANK

Ligands binding and molecular simulation: the potential investigation of a biosensor based on an insect odorant binding protein.

International journal of biological sciences 2015 Yi X, Zhang Y, Wang P, Qi J 等 6 人

本研究以模拟生物嗅觉为出发点,探索一种昆虫气味结合蛋白(OBP)作为生物传感器识别元件的基本特性。作者对斜纹夜蛾 SlitOBP1 进行同源建模,并利用分子对接模拟其与 1,536,550 种化合物的结合模式,以评估其广谱配体识别能力。通过重组表达获得大量纯化 SlitOBP1,克服了天然传感材料获取困难。荧光结合实验表明,该蛋白对...

Olfactory biosensor for insect semiochemicals analysis by impedance sensing of odorant-binding proteins on interdigitated electrodes.

Biosensors & bioelectronics 2015 Lu Y, Yao Y, Zhang Q, Zhang D 等 7 人

昆虫可通过高度灵敏的嗅觉系统在极低浓度下识别数千种半信息素。气味结合蛋白(OBPs)是昆虫嗅觉系统中最关键的嗅觉蛋白之一,也是构建用于化学生态学和生物技术应用的生物传感器的理想候选元件。本研究以东方果实蝇(Bactrocera dorsalis)的 OBP 为识别元件,将其固定于叉指电极上,建立一种用于检测昆虫半信息素的嗅觉生物传感...

An electrochemical and computational study for discrimination of D- and L-cystine by reduced graphene oxide/β-cyclodextrin.

The Analyst 2015 Zor E, Bingol H, Ramanaviciene A, Ramanavicius A 等 5 人

本文报道了一种新型手性选择性电化学生物传感器,用于区分胱氨酸对映体(D-胱氨酸和L-胱氨酸)。该传感器以玻璃碳电极(GCE)为基底,表面修饰还原氧化石墨烯/β-环糊精(rGO/β-CD)纳米复合层,利用β-环糊精的手性空腔实现对两种对映体的选择性识别。作者采用循环伏安法(CV)、电化学阻抗谱(EIS)和扫描电子显微镜(SEM)对修饰...