GeomBD3: Brownian Dynamics Simulation Software for Biological and Engineered Systems.

Journal of chemical information and modeling 2022 Cholko T, Kaushik S, Wu KY, Montes R 等 5 人

GeomBD3 是一款用于生物与工程体系的稳健布朗动力学模拟软件包，可设计、运行并分析不同环境和排列中的天然或人工体系。模拟采用全原子刚性分子模型，配体按过阻尼朗之万动力学扩散，并通过静电、Lennard-Jones 和配体去溶剂化势相互作用。程序可自动计算任意用户定义结合判据下的分子缔合速率、表面停留时间和结合统计，并借助辅助脚本...

综述或非传感器论文 布朗动力学分子模拟生物传感器设计DNA杂交

Reversible domain closure modulates GlnBP ligand binding affinity.

PloS one 2022 Chen Q, Li F, Zuo X, Chen J 等 14 人

谷氨酰胺结合蛋白（GlnBP）是大肠杆菌周质结合蛋白，负责结合并携带谷氨酰胺至内膜 ATP 结合盒（ABC）转运体。等温滴定量热（ITC）测得 GlnBP 与谷氨酰胺的结合亲和力约为 0.1 μM，且配体结合通过提高热力学稳定性稳定蛋白结构。然而，决定 GlnBP 配体结合的分子机制尚不清楚。静电作用和疏水作用是 GlnBP 与谷氨...

综述或非传感器论文 谷氨酰胺结合蛋白GlnBP域闭合配体结合