Reversible domain closure modulates GlnBP ligand binding affinity.
谷氨酰胺结合蛋白（GlnBP）是大肠杆菌周质结合蛋白，负责结合并携带谷氨酰胺至内膜 ATP 结合盒（ABC）转运体。等温滴定量热（ITC）测得 GlnBP 与谷氨酰胺的结合亲和力约为 0.1 μM，且配体结合通过提高热力学稳定性稳定蛋白结构。然而，决定 GlnBP 配体结合的分子机制尚不清楚。静电作用和疏水作用是 GlnBP 与谷氨...
Discovery of fragments inducing conformational effects in dynamic proteins using a second-harmonic generation biosensor.
蛋白质功能常依赖配体诱导的构象变化，但常规生物物理筛选通常不能直接揭示配体如何影响其功能。本文开发了一种高通量第二谐波产生（SHG）生物传感器，用于实时检测与蛋白结合后诱导构象变化的片段并识别动态区域。作者以乙酰胆碱结合蛋白（AChBP）为模型，建立野生型和六个单半胱氨酸突变体的多孔板SHG检测体系，并通过胺基或马来酰亚胺化学偶联第...
A general method for quantifying ligand binding to unmodified receptors using Gaussia luciferase.
可靠测量配体与细胞表面受体的结合对生物学和药理学研究具有重要意义。现有共振能量转移方法虽灵敏，但通常需要对受体进行标签化，可能改变配体结合特性。为此，作者开发了一种无标签活细胞检测系统，以海萤荧光素酶（Gaussia luciferase, GLuc）作为生物发光共振能量转移（BRET）供体。GLuc 与常用 NanoLuc 分子量...
A Taxon-Specific and High-Throughput Method for Measuring Ligand Binding to Nicotinic Acetylcholine Receptors.
化合物与烟碱型乙酰胆碱受体（nAChR）的结合在生物医学研究中备受关注，但现有方法通量低、样品消耗大或受分类学限制。本文报道一种新型无标记生物层干涉（BLI）检测方法，结合经改造的模拟肽（mimotope），用于测量不同物种nAChR α亚基正构位点的配体结合。作者以广食性蛇（Acanthophis antarcticus）、鱼类专...
Effects of point mutations in the binding pocket of the mouse major urinary protein MUP20 on ligand affinity and specificity.
小鼠主要尿蛋白（MUPs）属于脂卡林家族，具有保守的β-桶状结构和中心疏水结合口袋，可结合多种挥发性化合物。尿液沉积后，MUPs 缓慢释放结合的小分子，参与小鼠化学通讯。MUPs 高度多态且构象稳定，有望用于构建可检测多种分析物的生物传感器阵列。本研究基于计算模拟识别 MUP20 结合口袋中参与配体相互作用的14个关键氨基酸，并设计...
Regulation of Metabolic Pathways by MarR Family Transcription Factors.
细菌已进化出精密的代谢通路调控机制，以确保合成代谢通路在终产物不足时才被激活，并在底物缺失时避免无谓表达分解代谢酶。这些精细调控依赖于能够结合通路中间代谢物或外源配体的转录因子，配体结合可改变转录因子构象及其与 DNA 的相互作用，从而调控基因表达。本文综述配体响应型 MarR 家族转录因子在控制代谢酶基因表达中的作用，重点讨论其识...
Method for rapid optimization of recombinant GPCR protein expression and stability using virus-like particles.
近年来，稳定并结晶 GPCR 的创新方法推动了 GPCR 晶体结构解析，并使纯化受体可用于生物物理和生化配体结合实验。然而，为适配这些技术，蛋白优化过程漫长，需要反复表达、溶解、纯化和功能分析数十至数百个蛋白变体。本文报道一种新颖且通用的方法，在 HEK293 细胞产生的病毒样颗粒（VLP）中平行筛选数百个 GPCR 变体的蛋白产量...
On the capacity of diffusion-based molecular communications with SiNW FET-based receiver.
分子通信是一种受生物启发的通信方式，通过分子在纳米尺度设备间交换来传递信息。尽管分子通信已从多个角度被研究，但收发单元物理设计带来的限制在文献中常被忽视。本文针对配备硅纳米线（SiNW）场效应晶体管（FET）型接收机的无记忆分子通信信道，推导信道容量及达到容量的输入分布的解析闭式表达式。该接收机基于纳米生物电子生物FET（bioFE...
Analysis of the roles of mutations in thyroid hormone receptor-β by a bacterial biosensor system.
甲状腺激素受体（TR）突变常导致代谢和发育障碍，但携带这些突变的患者难以用现有甲状腺拟态药物治疗。本研究利用工程化细菌激素生物传感器，分析人甲状腺激素受体β（TRβ）配体结合域中六个临床观察到的突变。检测了六种激动剂化合物，包括三碘甲状腺原氨酸（T3）、甲状腺素（T4）、3,5,3'-三碘甲状腺乙酸（Triac）、GC-1、KB-1...
Quantitative analysis of the interaction of constitutive androstane receptor with chemicals and steroid receptor coactivator 1 using surface plasmon resonance biosensor systems: a case study of the Baikal seal (Pusa sibirica) and the mouse.
构成性雄烷受体（CAR）既有较高基础转录活性，又是配体依赖性转录因子。不同物种 CAR 配体谱不同，但化学物质激活 CAR 的机制及物种差异尚未完全阐明。本研究建立表面等离子共振（SPR）系统，定量分析贝加尔海豹（bsCAR）和小鼠（mCAR）配体结合域（LBD）与候选化学物质及甾体受体共激活剂1（SRC1）的相互作用。作者用小麦胚...
Histaminergic pharmacology of homo-oligomeric β3 γ-aminobutyric acid type A receptors characterized by surface plasmon resonance biosensor technology.
本研究建立了一种表面等离子共振（SPR）生物传感器方法，用于研究51种组胺能和15种GABA能配体与同源寡聚β3 GABAA受体的相互作用。去垢剂溶解的受体通过亲和捕获固定在生物传感器表面。组胺能和GABA能配体的相互作用动力学很快，但可通过稳态分析确定亲和力。多个GABA能配体结合结果与既往数据一致。组胺和16种组胺能配体被检测到...
Comment on: Rich and Myszka, grading the commercial optical biosensor literature--class of 2008: 'the mighty binders'. J. Mol. Recognit. 2010, 23, 1-64.
本文是一篇致编辑信，评论 Rich 和 Myszka 发表于《Journal of Molecular Recognition》的综述《Grading the commercial optical biosensor literature—Class of 2008: ‘The Mighty Binders’》。作者指出，表面等离子...