Structural Basis of a Novel Heme Binding Bacterial One-Component Switch.
单组分系统（OCS）将传感与效应功能整合于同一蛋白，可快速响应环境信号。本研究表征了来自 Fimbriimonas ginsengisoli 的新型潜在OCS蛋白FG214，其可能为氧化还原或O2调控的螺旋-转角-螺旋（HTH）-Per-ARNT-Sim（PAS）转录因子。FG214的PAS域在氧化条件下结合六配位血红素b，并发生配...
High specificity THz metamaterial-based biosensor for label-free transcription factor detection in melanoma diagnostics.
本研究提出一种用于黑色素瘤诊断的高特异性太赫兹生物传感器，可在无标记条件下从复杂细胞蛋白样品中选择性、灵敏地检测早期生长反应蛋白2（EGR2）。EGR2是一种锌指转录因子，在黑色素瘤细胞中因NAB2/EGR系统失调而活性升高，可作为肿瘤生物标志物。该传感器属于频率选择表面（FSS）型超材料，由二维非对称双分裂环谐振器（DSRR）单元...
Biolayer interferometry for DNA-protein interactions.
生物层干涉仪（BLI）是一种广泛用于实时测定大分子相互作用动力学的技术。该技术通过检测生物传感器尖端反射白光干涉图案的变化，可测定蛋白-蛋白（如抗体-底物动力学）或蛋白-小分子（如药物发现）相互作用的结合参数。然而，BLI 在 DNA-蛋白相互作用研究中的应用较少受到重视。DNA 结合蛋白在细胞生物学中发挥重要作用，调控转录、DNA...
Trade-Offs in Biosensor Optimization for Dynamic Pathway Engineering.
合成生物学进展使代谢工程可构建动态控制回路，使其能够响应生物反应器扰动并自我调节基因表达，有望克服传统通路工程中的诸多难题。这些回路的核心是代谢物生物传感器，用于读取通路信号并驱动酶表达。然而，代谢物生物传感器的构建是菌株设计的主要瓶颈，关键挑战在于理解生物传感器剂量-响应曲线与通路性能之间的关系。本文采用多目标优化方法，定量刻画代...
A Bit Stickier, a Bit Slower, a Lot Stiffer: Specific vs. Nonspecific Binding of Gal4 to DNA.
转录因子通过结合基因组DNA的特定区域调控基因活性，其选择性依赖于特异性与非特异性相互作用的精细平衡，但二者难以同时定量。本文利用反射幻影界面（Reflective Phantom Interface, RPI）——一种基于光学反射率的无标记生物传感器——研究酿酒酵母基因调控因子Gal4的N端结构域与含或不含有其共识序列的双链DNA...