72 条结果 关键词:分子对接 ×

Antioxidant, anti-quorum sensing, biofilm inhibitory activities and chemical composition of Patchouli essential oil:

Journal of biomolecular structure & dynamics 2022 Mansuri A, Lokhande K, Kore S, Gaikwad S 等 8 人

过去十年,人们对具有抗菌和抗氧化作用的天然植物精油兴趣显著增加。耐药菌持续存活依赖群体感应(QS)信号网络,因此需要替代抗菌化合物。本研究分析广藿香精油(PEO)的植物化学成分并评估其抗氧化活性。DPPH 自由基清除法显示 PEO 具有有效抗氧化活性(IC50 19.53 mg/mL)。采用生物传感菌株 Chromobacteriu...

Potential liquid crystal-based biosensor depending on the interaction between liquid crystals and proteins.

Spectrochimica acta. Part A, Molecular and biomolecular spectroscopy 2021 Kalita P, Shukla SS, Singh RK, Bhattacharjee A

液晶生物传感器可作为检测生物分子和化学事件的有效、简单且早期检测工具。本文以室温向列相液晶4'-戊基-4-联苯碳腈(5CB)为传感与换能材料,研究其对溶液中人血清白蛋白(HSA)的检测。作者采用偏光显微镜(POM)、温度依赖拉曼光谱和分子对接等多种技术,考察HSA存在下5CB指向矢重构及界面取向变化。POM结果显示,HSA加入后,5...

The investigation of detection and sensing mechanism of spicy substance based on human TRPV1 channel protein-cell membrane biosensor.

Biosensors & bioelectronics 2021 Xiao S, Song P, Bu F, Pang G 等 7 人

瞬时受体电位香草酸亚型1(TRPV1)是辣味感知和镇痛药物开发的关键靶点,但人源TRPV1(hTRPV1)相关信号机制仍不清楚。本研究通过基因工程在HEK293T细胞中稳定过表达hTRPV1,并基于层层组装策略构建了一种hTRPV1细胞膜生物传感器,用于研究辣味物质的激活信号。结果表明,辣椒素、大蒜素和山椒素对hTRPV1的激活常数...

Recent advances in computational methods for biosensor design.

Biotechnology and bioengineering 2021 Khoshbin Z, Housaindokht MR, Izadyar M, Bozorgmehr MR 等 5 人

生物传感器是广泛应用于医疗诊断、食品质量控制和环境监测的分析工具,其设计需要兼顾成本、效率与功能提升。实验方法在生物传感器开发中已取得重要进展,但酶、蛋白质、肽、抗体和适配体等识别元件仍存在稳定性、寿命、制备成本、样品基质干扰及温度/pH敏感性等不足。计算设计被提出为弥补实验局限的关键途径,需要可靠的生物传感器各段结构预测、稳定性分...

An electrochemical impedimetric sensing platform based on a peptide aptamer identified by high-throughput molecular docking for sensitive l-arginine detection.

Bioelectrochemistry (Amsterdam, Netherlands) 2021 He Y, Zhou L, Deng L, Feng Z 等 6 人

L-精氨酸(L-Arg)是蛋白质合成的基本构件,也是多胺、肌酸、腐胺等重要代谢物的前体,并参与多种生理和病理生理过程。作为临床诊断和营养状态评估的潜在生物标志物,L-Arg的定量与监测具有重要价值。本研究通过高通量分子对接筛选出能与L-Arg特异性相互作用的肽适配体,并用等温滴定量热法(ITC)测定合成肽适配体与L-Arg的结合能力...

Oxidative polymerization of hydroxytyrosol catalyzed by laccase, tyrosinase or horseradish peroxidase: influencing factors and molecular simulations.

Journal of biomolecular structure & dynamics 2021 Xie P, Fan L, Huang L, Zhang C

羟基酪醇经生物酶催化形成的低聚物在抗氧化、抗炎和抗癌变等方面具有优于单体的多效健康改善作用,但其聚合工艺参数与深入机制仍不清楚。为探究羟基酪醇聚合过程,本研究考察了溶剂类型、反应液pH、反应温度和时间对聚合收率的影响,并采用分子对接揭示漆酶、酪氨酸酶和辣根过氧化物酶的结构变化。结果显示,漆酶催化羟基酪醇聚合在pH 5.0水缓冲液、5...

Ultra-low concentration protein detection based on phenylalanine-Pd/SWCNT as a high sensitivity nanoreceptor.

RSC advances 2020 Yoosefian M, Etminan N, Juan A, Mirhaji E

本文提出一种基于钯掺杂单壁碳纳米管(Pd/SWCNT)与苯丙氨酸(Phe)复合的纳米受体,用于蛋白质检测。采用 DFT/B3LYP 方法计算优化几何结构、能量和电子密度参数,以评估该纳米受体的稳定性与反应性。在不同吸附构型中,苯丙氨酸的氨基和羧基位点具有较高吸附能,形成更稳定的复合物。苯丙氨酸通过直接强化学吸附结合到 Pd 掺杂 S...

Electrochemical, spectroscopic, and molecular docking studies of the interaction between the anti-retroviral drug indinavir and dsDNA.

Journal of pharmaceutical analysis 2020 Mollarasouli F, Dogan-Topal B, Caglayan MG, Taskin-Tok T 等 5 人

本研究首次采用简便方法构建了一种电化学DNA生物传感器,用于研究抗逆转录病毒药物茚地那韦(Indinavir, IND)与牛胸腺双链脱氧核糖核酸(ct-dsDNA)的相互作用。以ct-dsDNA修饰玻碳电极,通过差分脉冲伏安法监测脱氧鸟苷(dGuo)和脱氧腺苷(dAdo)氧化峰。与不同浓度IND孵育后,dGuo和dAdo氧化电流下降...

Screening of Bacterial Quorum Sensing Inhibitors in a

Pharmaceuticals (Basel, Switzerland) 2020 Qin X, Vila-Sanjurjo C, Singh R, Philipp B 等 5 人

本研究利用携带费氏弧菌(Vibrio fischeri)改造 lux 操纵子的合成荧光大肠杆菌生物传感器,筛选 23 种化合物的细菌群体感应(QS)抑制活性。该传感器以 LuxR 识别外源 AHL 3OC6HSL,并驱动绿色荧光蛋白(GFP)表达。结果显示,PCA、PQS、MOQ 和 genipin 在 50 µM 下分别将 QS ...

An electrochemical study of 9-chloroacridine redox behavior and its interaction with double-stranded DNA.

Bioelectrochemistry (Amsterdam, Netherlands) 2020 Rupar J, Aleksić MM, Dobričić V, Brborić J 等 5 人

本文研究了9-氯吖啶(9Cl-A)在玻碳电极上的电化学行为及其与双链DNA(dsDNA)的相互作用。9Cl-A是合成具有细胞毒活性的吖啶衍生物的前体分子。循环伏安法、差分脉冲伏安法和方波伏安法表明,其氧化和还原过程复杂、依赖pH、受扩散控制且不可逆。氧化过程先形成阳离子自由基单体,随后发生二聚体形成,并继续氧化生成新的阳离子自由基;...

Synthetic homoserine lactone analogues as antagonists of bacterial quorum sensing.

Bioorganic chemistry 2020 Qin X, Thota GK, Singh R, Balamurugan R 等 5 人

群体感应(QS)是依赖细菌密度的细胞间通讯机制,可协调毒力因子产生和生物膜形成。群体感应抑制(QQ)通过干扰 QS 治疗细菌感染,是前景策略。本研究合成并表征了四种与高丝氨酸内酯结构相近的 TGK 系列化合物,并利用大肠杆菌 Top 10 QS 生物传感器菌株(GFP 报告系统)检测其 QS 抑制活性;该菌株通过胞内蛋白 LuxR ...

Docking and Molecular Dynamics Predictions of Pesticide Binding to the Calyx of Bovine β-Lactoglobulin.

International journal of molecular sciences 2020 Cortes-Hernandez P, Vázquez Nuñez R, Domínguez-Ramírez L

农药在农业中广泛使用,食品中的农药残留必须监测以防止毒性。牛乳中含量最高的蛋白质β-乳球蛋白(BLG)在其中央结合口袋(calyx)中对多种疏水配体具有较高亲和力,而许多常用农药具有疏水性。为预测BLG是否可能成为农药的非预期载体,作者对555种农药及其异构体共889个化合物进行了刚性分子对接筛选,并重点分析60个属于世界卫生组织五...

In silico maturation of affinity and selectivity of DNA aptamers against aflatoxin B

Analytica chimica acta 2020 Mousivand M, Anfossi L, Bagherzadeh K, Barbero N 等 6 人

本研究提出一种基于遗传算法(GA)的计算机辅助成熟(ISM)策略,用于提高针对黄曲霉毒素B1(AFB1)的DNA适配体亲和力与选择性。以已知AFB1适配体Apt1为亲本序列,经七轮GA生成初始文库及三代单链DNA候选序列,并采用分子对接筛选和分析最优适配体–AFB1复合物。同时提出一种用于预测单链DNA三级结构的流程。第二代筛选后,...

Experimental and theoretical studies of electrochemical oxidation of nicotinamide adenine dinucleotide at the modified SWCNT and graphene oxide.

Journal of molecular modeling 2020 Koçak İ, Alıcı H

近年来,烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)及其氧化型(NAD+)因在生物传感器和生物燃料电池研究中的重要作用而受到广泛关注。然而,NADH 向 NAD+ 的转化常导致多数导电材料表面钝化和污损,使电流显著下降。为克服上述问题,作者采用固相合成方法,将二羟基苯(di-HB)功能化到固定在玻璃碳电极表面的单壁碳纳米管(SWCNT)和氧化石...

A planar and uncharged copper(II)-picolinic acid chelate: Its intercalation to duplex DNA by experimental and theoretical studies and electrochemical sensing application.

Biosensors & bioelectronics 2019 Song J, Ni J, Wang Q, Chen H 等 7 人

本文报道了一种平面且电中性的铜(II)-吡啶甲酸配合物 Cu(PA)2(PA 为吡啶甲酸)的合成及其作为电化学 DNA 杂交指示剂的应用。作者通过循环伏安、正常脉冲伏安、计时库仑和差分脉冲伏安等电化学方法,结合分子对接,研究了 Cu(PA)2 与双链 DNA 的相互作用。结果表明,Cu(PA)2 以特异性嵌入方式结合双链 DNA,分...

Preliminary research on the receptor-ligand recognition mechanism of umami by an hT1R1 biosensor.

Food & function 2019 Huang Y, Lu D, Liu H, Liu S 等 7 人

本研究旨在在避免细胞内多种信号通路“串扰”的同时,测定人鲜味受体 hT1R1 与其配体之间的相互作用。作者将 hT1R1 修饰并固定于玻碳电极表面的信号放大体系上,构建电化学生物传感器,测量其对四种鲜味配体——谷氨酸钠(MSG)、次黄苷酸二钠(IMP)、鸟苷酸二钠(GMP)和琥珀酸二钠(SUC)的响应电流。通过传感动力学方法计算受体...

A Molecular Interaction Analysis Reveals the Possible Roles of Graphene Oxide in a Glucose Biosensor.

Biosensors 2019 Sumaryada T, Sandy Gunawan M, Perdana S, Arjo S 等 5 人

本文报道了氧化石墨烯与葡萄糖氧化酶(GOx)的分子对接研究,用于潜在葡萄糖生物传感应用。氧化石墨烯的大比表面积和良好电学性质使其成为生物传感系统中酶固定化载体和换能器的最佳候选之一。分子对接结果表明,氧化石墨烯在葡萄糖生物传感器系统中可作为GOx酶固定化载体,因为它能与GOx在远离葡萄糖活性位点的特定区域自发结合,不干扰或阻断酶辅助...

Electrochemical, spectroscopic and molecular docking studies on the interaction of calcium channel blockers with dsDNA.

Bioelectrochemistry (Amsterdam, Netherlands) 2019 Shahzad S, Dogan-Topal B, Karadurmus L, Caglayan MG 等 8 人

本研究评估牛胸腺双链 DNA(ct-dsDNA)与三种钙通道阻滞剂硝苯地平(NDP)、乐卡地平(LDP)和氨氯地平(AMP)之间可能的相互作用机制。作者采用差分脉冲伏安法(DPV),分别在 ct-dsDNA 修饰玻碳电极构成的电化学 DNA 生物传感器表面和体相孵育溶液中考察 NDP-dsDNA 与 LDP-dsDNA 相互作用;A...

Discovery of Specific Nonpeptide Probe for Chymotrypsin via Molecular Docking-Based Virtual Screening and the Application.

ACS applied bio materials 2018 Xiong H, Li RR, Liu SY, Wu FX 等 6 人

糜蛋白酶(chymotrypsin)是一种与多种生物过程相关的蛋白酶,并显著参与胰腺疾病发生,因此其快速灵敏检测对早期诊断和相关药物发现具有重要意义。本文发展了一种基于分子对接的虚拟筛选(MDVS)策略,用于鉴定靶向糜蛋白酶的新型非肽生物传感器。新发现的探针20对糜蛋白酶相对于相似酶胰蛋白酶具有约45倍特异性,并在糜蛋白酶催化下产生...

Mutagenesis Studies and Structure-function Relationships for GalNAc/Gal-Specific Lectin from the Sea Mussel Crenomytilus grayanus.

Marine drugs 2018 Kovalchuk SN, Buinovskaya NS, Likhatskaya GN, Rasskazov VA 等 7 人

来自海洋贻贝 Crenomytilus grayanus 的 GalNAc/Gal 特异性凝集素 CGL 具有抗癌活性,代表具有 β-三叶草折叠的新型凝集素家族。此前,CGL 与 Gb3、半乳糖和半乳糖胺复合物的晶体结构及突变研究揭示其含有三个糖结合位点。CGL 能识别乳腺癌细胞表面的 Gb3 并结合常与肿瘤转化相关的黏蛋白型糖蛋白...