Alternative Approach to Sequence-Specific Recognition of DNA: Cooperative Stacking of Dication Dimers─Sensitivity to Compound Curvature, Aromatic Structure, and DNA Sequence.

ACS chemical biology 2025 Paul A, Terrell JR, Farahat AA, Ogbonna EN 等 8 人

随着已知基因组序列数量与多样性增加，利用可穿膜小分子调控基因表达的机会不断增多。增强小沟结合剂对 DNA 序列的识别能力，有望拓展其在转录因子调控等领域的应用。现有小沟结合剂可识别纯 AT 或 AT/GC 混合序列，但难以区分不同 AT 序列。本文报道了一类可选择性结合含 -TTAA- 或 -TATA- 小沟序列、而非其他 AT 序...

综述或非传感器论文 DNA小沟结合表面等离子共振双胍化合物序列特异性识别

Engineered modular heterocyclic-diamidines for sequence-specific recognition of mixed AT/GC base pairs at the DNA minor groove.

Chemical science 2021 Guo P, Farahat AA, Paul A, Boykin DW 等 5 人

本文报道了设计 DNA 小沟结合剂以识别任意 DNA 序列项目中的突破，重点解决长期难以靶向的相邻 GG 序列。作者尝试多种化合物设计后，选择 N-烷基苯并二咪唑结构，使其为相邻 GG 碱基的小沟 N-H 提供两个氢键受体；两侧噻吩单元提供预组织构象和强亲和力，末端苯甲脒终止分子，得到 DB2831。DB2831 与目标 AAAGG...

综述或非传感器论文 DNA小沟结合剂苯并二咪唑序列特异性识别SPR生物传感器

Imino proton NMR guides the reprogramming of A•T specific minor groove binders for mixed base pair recognition.

Nucleic acids research 2016 Harika NK, Paul A, Stroeva E, Chai Y 等 7 人

DNA 序列特异性结合对于靶向转录因子-DNA 复合物以调控基因表达至关重要。杂环双胍化合物 DB2277 可特异性识别 AAAGTTT 型混合碱基序列小沟中的单个 G•C 碱基对。核磁共振（NMR）光谱显示结合态化合物存在主要和次要两种物种。为理解决定混合 DNA 序列中结合亲和力与取向的原理，作者用 NMR 和热熔实验考察了三十...

综述或非传感器论文 DNA小沟结合剂DB2277核磁共振表面等离子共振