Journal of chemical information and modeling
2022
Cholko T, Kaushik S, Wu KY, Montes R 等 5 人
GeomBD3 是一款用于生物与工程体系的稳健布朗动力学模拟软件包，可设计、运行并分析不同环境和排列中的天然或人工体系。模拟采用全原子刚性分子模型，配体按过阻尼朗之万动力学扩散，并通过静电、Lennard-Jones 和配体去溶剂化势相互作用。程序可自动计算任意用户定义结合判据下的分子缔合速率、表面停留时间和结合统计，并借助辅助脚本...
International journal of molecular sciences
2021
Cross JS, Kubota Y, Chatterjee A, Unni S 等 6 人
为开发下一代蛋白基生物传感器表面，理解功能蛋白与极性基底表面的相互作用至关重要。纤维蛋白原（fibrinogen, FBG）是细胞外基质纤维蛋白，其三维表面同时存在正、负电荷区，使其与极化表面的结合机制难以解释。本研究采用具有表面电荷的 LiNbO3（LNO）单晶单畴基底，考察 FBG 突出极性片段在正、负电荷 LNO 表面的吸附行...
Journal of the American Chemical Society
2007
Munde M, Ismail MA, Arafa R, Peixoto P 等 12 人
传统 DNA 小沟结合剂模型要求分子呈新月形以匹配小沟螺旋曲率，但近年发现一些相对线性且二面角扭转较大的化合物也能强结合小沟，这促使研究者考察曲率要求可放宽的程度。作为实验分析的第一步，作者合成了线性三苯基双胍 DB1111 及一系列含氮三环类似物，旨在将 GC 结合选择性引入可进入细胞并发挥生物效应的杂环化合物。这些化合物从胍基碳...