72 条结果 关键词:分子对接 ×

Enhanced Bioactivity of Pyrolysis Liquid and AgNPs from Capparis sicula subsp. sicula: Chemical Characterization and Mechanistic Insights.

Chemistry & biodiversity 2026 Yenigün S, Basar Y, Demirtas I, Ozen T 等 8 人

本研究首次从刺山柑(Capparis sicula subsp. sicula)果实中制备甲醇-氯仿提取物、热解液和绿色合成银纳米颗粒(AgNPs),并系统比较其化学组成与生物活性。GC–MS/MS分析显示提取物和热解液主要含亚油酸甲酯、棕榈酸甲酯和油酸甲酯;LC–ESI–MS/MS显示提取物中橙皮苷含量最高(7.534 mg/g)...

Impact of non-nutritive sweeteners on bacterial quorum sensing and phenotypic expression: implications for gut microbiome dynamics.

Gut microbiome (Cambridge, England) 2025 Watawana M, Lima EMF, Quecan BXV, Sherry M 等 9 人

非营养甜味剂(NNS)作为糖替代品可降低热量摄入,但其对肠道微生物组的长期影响仍有争议。本研究以群体感应(QS)生物传感器模型菌紫色杆菌 ATCC 12472 和铜绿假单胞菌 PAO1 为对象,考察塔格糖、阿洛酮糖、瑞鲍迪苷 A(Reb-A)和糖精对 QS 调控表型及基因表达的影响。结果显示,不同 NNS 作用存在差异:塔格糖和阿洛...

A novel fluorescent probe, triphenylamine rhodamine-3-acetic acid (mRA) for the detection of Amyloid-β aggregates in Alzheimer's disease.

Frontiers in neuroscience 2025 Chinnappan R, Khan MA, Mohammad T, Allwaibh SM 等 9 人

淀粉样蛋白β(Aβ)参与阿尔茨海默病(AD)病理生理过程,并在神经元退变中发挥重要作用。在溶液中的Aβ对筛选影响Aβ纤维化的先导化合物至关重要,Aβ肽在溶液中的错误折叠倾向与AD病因相关,因此Aβ的早期检测是AD诊断和常规临床评估的关键基础。本研究采用聚集诱导荧光探针三苯胺罗丹明-3-乙酸(mRA)检测Aβ聚集体。荧光结果表明mRA...

Bioinformatics design of peptide binding to the human cardiac troponin I (cTnI) in biosensor development for myocardial infarction diagnosis.

PloS one 2024 Jauhar MM, Damairetha FR, Mardliyati E, Ulum MF 等 9 人

心血管疾病每年导致约47万例死亡,其中心肌梗死占49.2%,人肌钙蛋白I(cTnI)是诊断心肌梗死的关键生物标志物。基于肽的生物识别元件具有合成容易、成本低、稳定性好和分子量小等优点,是开发快速、高效、选择性cTnI检测方法的潜在候选,但相关研究仍不足。为此,本研究采用生物信息学方法设计新的cTnI生物传感器候选肽,并提出新的计算优...

An in silico design method of a peptide bioreceptor for cortisol using molecular modelling techniques.

Scientific reports 2024 Deshpande P, De D, Badhe Y, Tallur S 等 6 人

皮质醇是评估压力的可靠生物标志物,推动通过外泌汗液检测它的可穿戴传感器研究。由于汗液中皮质醇含量极低,通常为8–140 ng/mL,开发此类生物传感器需要具有合适灵敏度和选择性的生物受体。本文提出一种系统仿生方法和半自动高通量筛选工具,用于快速选择生物受体,替代从头计算肽学设计。首先从蛋白质数据库筛选候选蛋白,通过分子对接和Auto...

Revitalizing common drugs for antibacterial, quorum quenching, and antivirulence potential against

3 Biotech 2024 Chadha J, Mudgil U, Khullar L, Ahuja P 等 5 人

在后抗生素时代,抗毒力治疗难以直接替代现有抗菌方案,药物再利用成为重要替代策略。针对多重耐药铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)造成的临床负担,本研究评估常用药物 fexofenadine(FeX)、ivermectin(IvM)、nitrofurantoin(NiT)、levocetrizine(LvC)、...

Computation-guided transcription factor biosensor specificity engineering for adipic acid detection.

Computational and structural biotechnology journal 2024 Pham C, Stogios PJ, Savchenko A, Mahadevan R

基于转录因子(TF)的小分子生物传感器可将配体识别与荧光等读出相偶联,是合成生物学中有用的工具,但可用于目标分子的已表征 TF 有限。本研究提出一种基于分子对接的计算工作流,用于定向改变 TF 的配体特异性。作者以 LysR 家族 TF BenM 为对象,通过计算筛选获得单个氨基酸替代位点,将其天然配体 cis,cis-粘康酸(CC...

In-silico selection of peptides for the recognition of imidacloprid.

PloS one 2023 Aldulaijan S

本文旨在通过计算筛选低成本肽受体,用于环境中新污染物农药的灵敏检测。作者以蛋白数据银行中 Lymnaea stagnalis 乙酰胆碱结合蛋白 Q55R 突变体与吡虫啉复合物(PDB: 3WTH)为起点,利用 PLIP 分析农药与 A、B、C 链相互作用区,选取三条短肽 YSP09、DRM12 和 WQW13。分子对接显示三者可与吡...

Detection of Various Traditional Chinese Medicinal Metabolites as Angiotensin-Converting Enzyme Inhibitors: Molecular Docking, Activity Testing, and Surface Plasmon Resonance Approaches.

Molecules (Basel, Switzerland) 2023 Wu Q, Jiao Y, Luo M, Wang J 等 7 人

血管紧张素转换酶1(ACE1)通过催化血管紧张素I转化为具有缩血管作用的血管紧张素II,参与体液和血压调节。已有研究表明,部分天然来源化合物可抑制血管紧张素转换酶活性并发挥降压作用。表面等离子共振(SPR)生物传感器技术是观察生物分子相互作用的行业标准方法。本研究采用分子模拟方法评估多种中药代谢物与ACE1蛋白的对接能,利用SPR实...

Production of codon-optimized Factor C fragment from Tachypleus gigas in the Pichia pastoris GS115 expression system for endotoxin detection.

Journal, genetic engineering & biotechnology 2023 Bachtiar Z, Mustopa AZ, Astuti RI, Fauziyah F 等 12 人

Factor C(FC)是内毒素检测常用标准材料,作为酶原丝氨酸蛋白酶可充当检测脂多糖(LPS)的生物传感器。前期模拟显示 FC 的 C 型凝集素结构域(CLECT)与脂质 A 相互作用。本研究通过蛋白建模、分子对接、分子动力学模拟及 pPIC9K 载体构建,评估 FC 片段与脂质 A 的相互作用稳定性。三个建模网站所得 FC 模型...

Protegrin-2, a potential inhibitor for targeting SARS-CoV-2 main protease M

Computational and structural biotechnology journal 2023 Jan Z, Geethakumari AM, Biswas KH, Jithesh PV

本研究旨在寻找针对 SARS-CoV-2 主蛋白酶 Mpro(3CL protease)的有效抑制剂,以应对持续传播的病毒变异株。作者从抗菌肽数据库筛选约 200 个抗菌肽,采用分子对接、过敏原性和毒性预测等计算方法进行初筛,并选取候选肽进行实验验证。分子对接显示天然抗菌肽 Protegrin-2 与 Mpro 变构位点具有较高结合...

Cyclopropane-Containing Specialized Metabolites from the Marine Cyanobacterium cf.

Molecules (Basel, Switzerland) 2023 Salleh NF, Wang J, Kundukad B, Oluwabusola ET 等 9 人

海洋蓝藻在藻华期间可产生结构多样的生物活性次级代谢物,这些化感物质赋予微藻对抗竞争微生物和草食动物的化学防御能力。本研究从一株海洋蓝藻 cf. Lyngbya sp. 中分离并纯化得到少量含环丙烷的新化合物 benderadiene(2)以及已知脂质酸 lyngbyoic acid(1),并通过光谱方法完成结构表征。利用基于铜绿假单...

Study of the Sensing Kinetics of G Protein-Coupled Estrogen Receptor Sensors for Common Estrogens and Estrogen Analogs.

Molecules (Basel, Switzerland) 2023 Lu D, Wang X, Feng C, Liu D 等 13 人

内源和外源雌激素广泛存在于食品及食品包装中,天然雌激素过量及合成雌激素滥用或非法使用可引发内分泌紊乱甚至癌症,因此准确评估具有雌激素样效应的食品功能成分或毒素具有重要意义。本研究通过自组装方法构建了基于 G 蛋白偶联雌激素受体(GPER)的电化学生物传感器,并以双层金纳米颗粒(AuNPs)修饰,用于测定五种 GPER 配体的传感动力...

Elucidation of DNA-Eltrombopag Binding: Electrochemical, Spectroscopic and Molecular Docking Techniques.

Biosensors 2023 Cheraghi S, Şenel P, Dogan Topal B, Agar S 等 9 人

艾曲泊帕(eltrombopag, ELT)是一种强效辅助抗肿瘤药物,用于骨髓增生异常综合征(MS)和急性髓系白血病(AML)治疗。本研究通过伏安法、光谱技术和粘度测量研究 ELT 与 DNA 的相互作用机制。作者利用还原氧化石墨烯(rGO)修饰玻碳电极(GCE)构建了 DNA 生物传感器和纳米生物传感器,用于检测 DNA-ELT ...

Elucidating the interaction of antidepressant drug paroxetine with ct-dsDNA: A comparative study by electrochemical, spectroscopic, and molecular docking approaches.

Bioelectrochemistry (Amsterdam, Netherlands) 2023 Nimal R, Nur Unal D, Erkmen C, Kurbanoglu S 等 8 人

本研究旨在通过电化学、荧光光谱和分子对接方法,考察苯基哌啶类抗抑郁药帕罗西汀(paroxetine, PARO)与生物大分子的相互作用。作者以双链牛胸腺DNA(ct-dsDNA)为模型生物分子,利用差分脉冲伏安法(DPV)监测ct-dsDNA中脱氧鸟苷阳极氧化信号的变化,研究PARO与ct-dsDNA的结合行为。荧光光谱实验在四种温...

Exploring novel targets of sitagliptin for type 2 diabetes mellitus: Network pharmacology, molecular docking, molecular dynamics simulation, and SPR approaches.

Frontiers in endocrinology 2022 Qi JH, Chen PY, Cai DY, Wang Y 等 7 人

糖尿病已成为严重全球公共卫生问题,2型糖尿病(T2DM)并发症发生率上升。西格列汀是二肽基肽酶-4(DPP4)抑制剂,可抑制DPP4促进胰岛素分泌、抑制胰岛β细胞凋亡并降低血糖,但其改善胰岛素抵抗、抗炎、抗氧化应激和抗纤维化机制尚不清楚。本研究探索西格列汀治疗T2DM的新靶点及信号通路。采用网络药理学筛选与DPP4最相关靶点,半柔性...

表面等离子共振(SPR)生物传感器 西格列汀ACE22型糖尿病网络药理学

Bisindolylmaleimides New Ligands of CaM Protein.

Molecules (Basel, Switzerland) 2022 Sosa-Peinado A, Fructuoso-García K, Vásquez-Bochm LX, González-Andrade M

本研究报道了一类双吲哚马来酰亚胺(Bisindolylmaleimides, BIMs)化合物作为钙调蛋白(calmodulin, CaM)潜在抑制剂的分子水平相互作用。BIMs 是源自斯他唑星(staurosporine)的药物原型,其中 BIM II、IV、VII、X 和 XI 首次被提出并报道为可能的 CaM 抑制剂。研究采用...

Kinetics of Drug Molecule Interactions with a Newly Developed Nano-Gold-Modified Spike Protein Electrochemical Receptor Sensor.

Biosensors 2022 Lu D, Liu D, Wang X, Liu Y 等 7 人

2020年3月世界卫生组织宣布新冠疫情为流行病,刺突蛋白被认为是抗新冠治疗的重要药物靶点。本研究通过固定化SARS-CoV-2刺突蛋白,并采用金纳米颗粒-辣根过氧化物酶(AuNPs-HRP)作为电化学信号放大体系,成功构建了一种新型电化学受体生物传感器。采用时间-电流法对阿比多尔、磷酸氯喹等七种抗病毒药物化合物进行定量分析。结果表明...

Rational Design of Peptides Derived from Odorant-Binding Proteins for SARS-CoV-2-Related Volatile Organic Compounds Recognition.

Molecules (Basel, Switzerland) 2022 Wang J, Sakai K, Kiwa T

肽类分子是生物传感器中极具潜力的识别元件。本研究以昆虫气味结合蛋白(odorant-binding proteins, OBPs)为模板,理性设计了一系列用于识别SARS-CoV-2相关挥发性有机化合物(VOCs)的短肽。研究选取乙醇、壬醛、苯甲醛、乙酸和丙酮作为新冠感染呼出气中的代表性VOC标志物,利用分子对接、结构预测和序列分析...

Interactions of a biological macromolecule with thermotropic liquid crystals: Applications of liquid crystals in biosensing platform.

Spectrochimica acta. Part A, Molecular and biomolecular spectroscopy 2022 Kalita P, Singh RK, Bhattacharjee A

本文报道了一种基于4'-辛基-4-联苯腈(8CB)热致液晶的生物传感器,利用生物大分子牛血清白蛋白(BSA)在8CB界面的吸附实现检测。BSA的检测通过偏光显微镜(POM)观察8CB分子指向矢构型的变化完成;该构型转变由非共价相互作用驱动。在100 μM BSA浓度下,该方法表现出较高灵敏度。分子对接研究进一步阐明了8CB与BSA之...