7 条结果 关键词:结合热力学 ×

Crystal structure of the HMGA AT-hook 1 domain bound to the minor groove of AT-rich DNA and inhibition by antikinetoplastid drugs.

Scientific reports 2024 Nué-Martinez JJ, Maturana M, Lagartera L, Rodríguez-Gutiérrez JA 等 8 人

高迁移率族(HMG)蛋白是内在无序的核非组蛋白染色质蛋白,通过调控真核细胞中众多基因表达参与多种生物学过程。HMGA蛋白含三个AT-hook基序,优先结合B型DNA小沟中的AT富集序列。理解AT-hook与DNA的相互作用对癌症和寄生虫病相关医学研究具有重要意义。本文报道了HMGA AT-hook 1域与AT富集DNA小沟复合物的首...

表面等离子共振(SPR)生物传感器 HMGA AT-hook 1DNA小沟结合SPR生物传感器抗锥虫药物

Thermodynamic Factors That Drive Sequence-Specific DNA Binding of Designed, Synthetic Minor Groove Binding Agents.

Life (Basel, Switzerland) 2022 Paul A, Farahat AA, Boykin DW, Wilson WD

本文延续 Ken Breslauer 等关于小分子阳离子与 DNA 小沟结合热力学的基础研究,系统考察了具有不同末端阳离子基团的吡啶基序列特异性小沟结合剂与 DNA 的结合热力学。作者采用生物传感器-表面等离子共振(biosensor-SPR)和等温滴定量热(ITC)方法,从两方面拓展小沟结合剂研究:一是使用可识别含单个 G•C 碱...

表面等离子共振(SPR)生物传感器 DNA小沟结合剂等温滴定量热序列选择性结合热力学

Optimizing Stem Length To Improve Ligand Selectivity in a Structure-Switching Cocaine-Binding Aptamer.

ACS sensors 2017 Neves MAD, Shoara AA, Reinstein O, Abbasi Borhani O 等 6 人

理解适配体结构与功能的关系对适配体生物传感器的设计开发至关重要。本文分析了一系列具有不同 stem 1 长度的可卡因结合适配体,以阐明该茎在配体诱导结构转换结合机制中的作用,该机制被该适配体的多种传感器应用所利用。结果表明,stem 1 的长度决定可卡因结合适配体是否发生结构转换结合。作者将 stem 1 长度从 1 到 7 个碱基...

Complex Thermodynamic Behavior of Single-Stranded Nucleic Acid Adsorption to Graphene Surfaces.

Langmuir : the ACS journal of surfaces and colloids 2016 Ranganathan SV, Halvorsen K, Myers CA, Robertson NM 等 6 人

自石墨烯被发现以来,其在电子、材料和医学领域的应用研究迅速增长。其水溶性形式氧化石墨烯因对单链多核苷酸的优先吸附和荧光猝灭特性,在生物传感器中展现出潜力。然而,理性设计此类传感器需要深入理解结合热力学,并最终建立序列特异性结合的预测模型。为此,本文采用等温滴定量热法(ITC)直接测量核苷和寡核苷酸与氧化石墨烯纳米颗粒的结合,并利用结...

Modulation of DNA-polyamide interaction by β-alanine substitutions: a study of positional effects on binding affinity, kinetics and thermodynamics.

Organic & biomolecular chemistry 2014 Wang S, Aston K, Koeller KJ, Harris GD 等 7 人

发夹多聚酰胺(hairpin polyamides, PAs)是一类重要的序列特异性 DNA 小沟结合剂,常引入 β-丙氨酸(β)以降低分子刚性并维持 DNA 识别注册。为系统理解 β 对 DNA–PA 结合亲和力、选择性尤其是动力学的影响,作者以八杂环发夹 PA KA1033 及其 β 衍生物为对象,将其内部吡咯系统性地替换为单个...

Identification of structural-kinetic and structural-thermodynamic relationships for thrombin inhibitors.

Biochemistry 2013 Winquist J, Geschwindner S, Xue Y, Gustavsson L 等 7 人

为深入理解药物-靶标相互作用,本研究考察在凝血酶抑制剂 melagatran 的 P3 位引入不同链长取代氨基残基的影响。通过停流光谱(SF)、等温滴定量热(ITC)和表面等离子共振(SPR)生物传感器分析获得抑制、动力学与热力学数据,并结合酶-抑制剂复合物 X 射线晶体结构进行解释。抑制剂脂溶性增加时结合速率加快,伴随焓贡献增大和...

Entropy drives integrin alphaIIbbeta3:echistatin binding--evidence from surface plasmon resonance spectroscopy.

Biochemistry 2008 Hantgan RR, Stahle MC, Horita DA

本研究利用表面等离子共振(SPR)光谱,考察整合素αIIbβ3(RIIb3)高效、紧密且选择性结合RGD解整合素echistatin的分子机制。将重组echistatin及其点突变体(RGD-rEch、RGDF-rEch、RGA-rEch、AGD-rEch)固定于生物传感器芯片表面,检测胶束态RIIb3与配体的结合速率、程度和稳定性...

表面等离子共振(SPR)生物传感器 整合素αIIbβ3echistatinRGD结合结合热力学