72 条结果 关键词:分子对接 ×

Insights from the Molecular modeling, docking analysis of illicit drugs and Bomb Compounds with Honey Bee Odorant Binding Proteins (OBPs).

Bioinformation 2018 Langeswaran K, Jeyaraman J, Mariadasse R, Soorangkattan S

本文关注蜜蜂气味结合蛋白(OBP)在生物传感器开发中的应用潜力。作者采用分子建模、分子对接和系统发育分析,预测了19种非法药物与爆炸物化合物同43种蜜蜂OBP的结合情况,并讨论通过训练蜜蜂识别相关化合物的可行性。结果显示,若干复合物具有较高对接得分,如OBP16-N-苯基-2-萘胺(-12.25 kcal/mol)、3BJH-快克可...

Inhibition of O-linked N-acetylglucosamine transferase activity in PC12 cells - A molecular mechanism of organophosphate flame retardants developmental neurotoxicity.

Biochemical pharmacology 2018 Gu Y, Yang Y, Wan B, Li M 等 5 人

有机磷阻燃剂(OPFRs)作为溴化阻燃剂替代品,可引发类似有机磷农药的神经发育毒性,但其分子机制尚不清楚。O-连接N-乙酰氨基葡萄糖(O-GlcNAc)转移酶(OGT)通过修饰核质蛋白调控多种神经过程。本研究利用电化学生物传感器筛选12种OPFRs对OGT活性的抑制作用。结果显示,烷基取代OPFRs无抑制作用;含芳香基或氯代烷基取代...

Identification of d-seco modified steroid derivatives with affinity for estrogen receptor α and β isoforms using a non-transcriptional fluorescent cell assay in yeast.

Steroids 2018 Bekić SS, Marinović MA, Petri ET, Sakač MN 等 7 人

本文报道了一种在酿酒酵母中优化的非转录荧光细胞检测法,用于测定 D-seco 修饰甾体衍生物对雌激素受体 α、雌激素受体 β 或雄激素受体配体结合域的相对亲和力。将类固醇受体配体结合域与黄色荧光蛋白在酵母中融合表达;加入已知类固醇配体后,受体二聚化引起荧光共振能量转移,使荧光强度增加,从而可按剂量和时间依赖方式估计受体结合亲和力。利...

Structural basis of pesticide detection by enzymatic biosensing: a molecular docking and MD simulation study.

Journal of biomolecular structure & dynamics 2018 Shahbaaz M, Kanchi S, Sabela M, Bisetty K

设计快速、简便、选择性高且低成本的生物传感器技术,是检测各类农药的重要方向。本文通过分子对接、特异性倾向分析和蛋白质识别能力评估,探讨农药检测的酶生物传感结构基础。研究选取乙酰胆碱酯酶(ACH)、细胞色素P450(CYP)、谷胱甘肽S-转移酶(GST)和蛋白激酶C(PKC)四种候选生物识别蛋白,分别对应神经递质、代谢、解毒和蛋白磷酸...

Interfering with the high-affinity interaction between wheat amylase trypsin inhibitor CM3 and toll-like receptor 4: in silico and biosensor-based studies.

Scientific reports 2017 Cuccioloni M, Mozzicafreddo M, Bonfili L, Cecarini V 等 9 人

小麦淀粉酶/胰蛋白酶双功能抑制剂(ATIs)是天然免疫反应的蛋白刺激物,近年被证实可促进胃肠道及肠外炎症综合征。这些蛋白通过激活 Toll 样受体 4(TLR4)触发下游肠道炎症,而 TLR4 可激活信号通路并诱导免疫与促炎基因表达。本研究证明,ATIs 能以纳摩尔亲和力直接与 TLR4 相互作用,并采用表面等离子共振结合分析与计算...

Editor's Highlight: Structure-Based Investigation on the Binding and Activation of Typical Pesticides With Thyroid Receptor.

Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology 2017 Xiang D, Han J, Yao T, Wang Q 等 7 人

已有大量农药被报道可干扰甲状腺内分泌系统正常功能,但其确切作用机制尚未完全阐明。本研究评估了21种农药与甲状腺受体(TR)的结合相互作用及其扰乱甲状腺稳态的潜力。在GH3荧光素酶报告基因检测中,5种农药表现出激动作用,活性顺序为procymidone > imidacloprid > mancozeb > fluroxypyr > ...

表面等离子共振(SPR)生物传感器 农药甲状腺受体荧光素酶报告基因分子对接

Inhibition of quorum sensing related virulence factors of Pseudomonas aeruginosa by pyridoxal lactohydrazone.

Microbial pathogenesis 2017 Heidari A, Noshiranzadeh N, Haghi F, Bikas R

铜绿假单胞菌的群体感应(QS)系统通过自诱导物调控毒力因子和致病性,是抗感染干预的重要靶点。本研究考察了手性吡哆醛乳酸腙(pyridoxal lactohydrazone,PLH)在亚抑菌浓度下对铜绿假单胞菌PAO1 QS相关毒力因子的影响。PLH由手性乳酸酰肼与吡哆醛反应制得。在1/4和1/16 MIC(32和8 µg/mL)处理...

Identification of protein tyrosine phosphatase SHP-2 as a new target of perfluoroalkyl acids in HepG2 cells.

Archives of toxicology 2017 Yang Y, Lv QY, Guo LH, Wan B 等 7 人

全氟烷基酸(PFAAs)是广泛存在的环境污染物,已在人体中检出并与不良健康效应相关。既往毒理学研究多集中于核受体介导通路,但不足以解释观察到的毒性效应。本研究旨在通过鉴定细胞内生物靶点阐明 PFAA 毒性的分子机制。作者利用一种新型电化学生物传感器,对 16 种 PFAAs 抑制蛋白酪氨酸磷酸酶 SHP-2 活性的能力进行评估。结果...

Cyanidin inhibits quorum signalling pathway of a food borne opportunistic pathogen.

Journal of food science and technology 2016 Gopu V, Shetty PH

群体感应(QS)是细菌依赖种群密度的细胞间通讯过程,用于调节表型特征。决定细菌致病性和食品腐败的关键毒力因子受 QS 机制调控,因此干扰 QS 信号通路可能是控制食源性病原菌的有吸引力策略。本研究利用生物传感菌株评估天然花青素 cyanidin 对机会致病菌肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)的 QS 抑制活性...

Quorum sensing inhibitory potential and molecular docking studies of sesquiterpene lactones from Vernonia blumeoides.

Phytochemistry 2016 Aliyu AB, Koorbanally NA, Moodley B, Singh P 等 5 人

针对多重耐药革兰阴性菌,抑制群体感应(QS)可削弱细菌毒力。本研究评估 Vernonia blumeoides 中 eudesmanolide 型三萜内酯(blumeoidolides)及粗提物的抗毒力潜力,采用 violacein 抑制试验定量检测 Chromobacterium violaceum 的 QS 调控色素产生,并用琼...

Elucidating the binding efficacy of β-galactosidase on graphene by docking approach and its potential application in galacto-oligosaccharide production.

Bioprocess and biosystems engineering 2016 Satar R, Ismail SA, Rehan M, Ansari SA

本文提出合成并表征石墨烯,用于固定化β-半乳糖苷酶以提高半乳寡糖(GOS)产量。透射电镜显示所合成石墨烯尺寸约为25 nm,傅里叶变换红外光谱用于观察酶与纳米载体之间的相互作用。采用分子对接程序Dock v.6.5进行对接,并利用Chimera v.1.6.2和PyMOL v.1.3对蛋白—配体复合物进行可视化分析。固定化β-半乳糖...

Identification of Oligosaccharides in Human Milk Bound onto the Toxin A Carbohydrate Binding Site of Clostridium difficile.

Journal of microbiology and biotechnology 2016 Nguyen TT, Kim JW, Park JS, Hwang KH 等 7 人

人乳低聚糖(HMOs)是母乳喂养婴儿抵抗感染性腹泻的重要天然免疫机制。艰难梭菌是医院获得性腹泻的主要病原,其毒素A羧基末端碳水化合物结合域TcdA-f2在组氨酸残基被二乙基丙酮酸修饰后,细胞毒性和受体结合活性被特异性消除。本研究将TcdA-f2基因克隆至pET28a载体并在大肠杆菌BL21(DE3)中表达纯化。利用表面等离子共振(S...

表面等离子共振(SPR)生物传感器 人乳低聚糖艰难梭菌毒素A碳水化合物结合域

RACK1 (receptor for activated C-kinase 1) interactions with spectrin repeat elements.

Journal of molecular recognition : JMR 2015 Myklebust LM, Horvli O, Raae AJ

激活的蛋白激酶C受体1(RACK1)是广泛保守的细胞内支架蛋白,参与细胞发育、增殖、黏附、运动、凋亡、应激反应及转录翻译调控等信号通路。细胞骨架中的谱蛋白(spectrin)形成肌动蛋白-谱蛋白网络,为细胞组分提供对接表面。本研究利用表面等离子共振(SPR)生物传感器技术和分子对接分析,考察RACK1与α-谱蛋白链中单个重复单元R1...

表面等离子共振(SPR)生物传感器 RACK1谱蛋白重复蛋白-蛋白相互作用结合动力学

Quercetin Influences Quorum Sensing in Food Borne Bacteria: In-Vitro and In-Silico Evidence.

PloS one 2015 Gopu V, Meena CK, Shetty PH

群体感应在调控许多食源性病原菌毒力因子中起重要作用,造成严重公共卫生风险。因此,中断群体感应信号通路可能是对抗微生物感染的有吸引力策略。本研究使用生物传感器菌株评估槲皮素对食源性病原菌的群体感应抑制活性和抗生物膜特性,并采用分子对接和分子动力学模拟等计算机模拟技术筛选槲皮素作为群体感应抑制剂的潜力。槲皮素(80 μg/ml)以浓度依...

Computer-aided design of aptamers for cytochrome p450.

Journal of structural biology 2015 Shcherbinin DS, Gnedenko OV, Khmeleva SA, Usanov SA 等 12 人

适配体是具有稳定空间结构、可高亲和力和特异性结合靶标的短单链 DNA 或 RNA 寡核苷酸,通常通过 SELEX 实验筛选。本文提出一种用于蛋白靶标的计算机辅助适配体设计方法,包括三步:首先通过分子对接和结构分析寻找潜在结合位点;其次分别设计负责靶标识别的短序列和维持识别区构象的结构部分;最后通过分子动力学模拟和 MM–PBSA/N...

Environmental pollutants directly affect the liver X receptor alpha activity: Kinetic and thermodynamic characterization of binding.

The Journal of steroid biochemistry and molecular biology 2015 Mozzicafreddo M, Cuccioloni M, Bonfili L, Cecarini V 等 11 人

肝X受体(LXR)是一类配体激活的转录因子,主要参与胆固醇稳态、胆汁酸和甘油三酯代谢,并可通过直接调控肝脏葡萄糖激酶参与葡萄糖代谢。已有研究证明药物、工业副产物和化学品等外源因素可调节其活性。鉴于这些合成分子在环境中广泛存在且LXR具有明确的靶点作用,作者采用整合策略,将计算机分子对接与光学表面等离子共振(SPR)生物传感器结合研究...

表面等离子共振(SPR)生物传感器 肝X受体α环境污染物分子对接结合动力学

Computational selection of RNA aptamer against angiopoietin-2 and experimental evaluation.

BioMed research international 2015 Hu WP, Kumar JV, Huang CJ, Chen WY

血管生成在肿瘤生长与转移中起关键作用,血管生成素-2(Ang2)因在调节血管生成中的独特作用而受到关注。本研究提出一种计算模拟方法,用于筛选对Ang2具有高结合能力的RNA适配体。作者基于文献中通过系统进化指数富集(SELEX)获得的Ang2适配体序列,利用Discovery Studio 3.5中的ZDOCK和ZRANK算法进行适...

表面等离子共振(SPR)生物传感器 RNA适配体血管生成素-2分子对接ZRANK

Ligands binding and molecular simulation: the potential investigation of a biosensor based on an insect odorant binding protein.

International journal of biological sciences 2015 Yi X, Zhang Y, Wang P, Qi J 等 6 人

本研究以模拟生物嗅觉为出发点,探索一种昆虫气味结合蛋白(OBP)作为生物传感器识别元件的基本特性。作者对斜纹夜蛾 SlitOBP1 进行同源建模,并利用分子对接模拟其与 1,536,550 种化合物的结合模式,以评估其广谱配体识别能力。通过重组表达获得大量纯化 SlitOBP1,克服了天然传感材料获取困难。荧光结合实验表明,该蛋白对...

Olfactory biosensor for insect semiochemicals analysis by impedance sensing of odorant-binding proteins on interdigitated electrodes.

Biosensors & bioelectronics 2015 Lu Y, Yao Y, Zhang Q, Zhang D 等 7 人

昆虫可通过高度灵敏的嗅觉系统在极低浓度下识别数千种半信息素。气味结合蛋白(OBPs)是昆虫嗅觉系统中最关键的嗅觉蛋白之一,也是构建用于化学生态学和生物技术应用的生物传感器的理想候选元件。本研究以东方果实蝇(Bactrocera dorsalis)的 OBP 为识别元件,将其固定于叉指电极上,建立一种用于检测昆虫半信息素的嗅觉生物传感...

An electrochemical and computational study for discrimination of D- and L-cystine by reduced graphene oxide/β-cyclodextrin.

The Analyst 2015 Zor E, Bingol H, Ramanaviciene A, Ramanavicius A 等 5 人

本文报道了一种新型手性选择性电化学生物传感器,用于区分胱氨酸对映体(D-胱氨酸和L-胱氨酸)。该传感器以玻璃碳电极(GCE)为基底,表面修饰还原氧化石墨烯/β-环糊精(rGO/β-CD)纳米复合层,利用β-环糊精的手性空腔实现对两种对映体的选择性识别。作者采用循环伏安法(CV)、电化学阻抗谱(EIS)和扫描电子显微镜(SEM)对修饰...