72 条结果 关键词:分子对接 ×

Influence of azide incorporation on binding affinity by small papain inhibitors.

Bioorganic & medicinal chemistry 2014 Wammes AE, Hendriks TG, Amatdjais-Groenen HI, Wijdeven MA 等 8 人

为开发基于亲和力的生物传感器平台,需要具有可用于表面固定的功能手柄的合适配体。为此,作者设计并合成了一组含不同叠氮连接臂的木瓜蛋白酶抑制剂,用于后续通过无铜应变促进叠氮–炔烃环加成(SPAAC)点击化学固定到传感器表面。同时开展分子对接研究,以判断叠氮手柄在哪些位置可被容忍而不影响配体与木瓜蛋白酶的结合亲和力。结果表明,尽管叠氮基团...

A selective, long-lived deep-red emissive ruthenium(II) polypyridine complexes for the detection of BSA.

Spectrochimica acta. Part A, Molecular and biomolecular spectroscopy 2014 Babu E, Muthu Mareeswaran P, Singaravadivel S, Bhuvaneswari J 等 5 人

本研究报道了一种基于钌(II)多吡啶配合物的选择性、无标记发光传感器,用于检测牛血清白蛋白(BSA),并考察其相对于其他蛋白质的识别能力。作者采用紫外-可见吸收、稳态发射、激发态寿命和圆二色(CD)光谱技术研究了 BSA 与两种 Ru(II) 配合物(I 和 II)之间的相互作用。加入 BSA 后,配合物 I 和 II 的发光强度分...

Structure-dependent binding of arylimidamides to the DNA minor groove.

Chembiochem : a European journal of chemical biology 2014 Chai Y, Munde M, Kumar A, Mickelson L 等 16 人

杂环二胍类化合物是强效DNA小沟结合剂,并具有良好抗寄生虫活性。为拓展此类化合物的生物活性,作者合成了一系列芳基咪酰胺(arylimidamides, AIAs)类似物;与二胍类相比,AIAs在利什曼原虫和克氏锥虫中的摄取更好。研究采用热变性(Tm)、荧光置换滴定、圆二色(CD)、DNase I足迹、生物传感器表面等离子共振(SPR...

Design, synthesis and characterization of a hexapeptide bio-inspired by acetylcholinesterase and its interaction with pesticide dichlorvos.

The Analyst 2014 dos Santos GP, da Silva BF, Garrido SS, Mascini M 等 5 人

本文报道了一种受乙酰胆碱酯酶(AChE)活性位点启发的新型六肽的设计、合成与表征,并研究其与有机磷农药敌敌畏(dichlorvos)的相互作用。研究采用分子建模、固相肽合成、高效液相色谱、紫外-可见光谱和电喷雾质谱等方法。六肽序列为 NH3+-Glu-His-Gly-Gly-Pro-Ser-COO-,其氨基酸排布模拟 AChE 催化...

Importance of the interaction protein-protein of the CaM-PDE1A and CaM-MLCK complexes in the development of new anti-CaM drugs.

Journal of molecular recognition : JMR 2013 González-Andrade M, Mata R, Madariaga-Mazón A, Rodríguez-Sotres R 等 6 人

蛋白-蛋白相互作用在生理和病理过程中起核心作用,理解其机制有助于发现新治疗靶点。本研究以钙调蛋白(CaM)、人源钙/钙调蛋白依赖性30,50-环核苷酸磷酸二酯酶1A(PDE1A)、肌球蛋白轻链激酶(MLCK)以及αII-谱蛋白肽(aII-spec)和两种CaM抑制剂氯丙嗪(CPZ)与malbrancheamide(MBC)为对象,利...

Impedance sensing and molecular modeling of an olfactory biosensor based on chemosensory proteins of honeybee.

Biosensors & bioelectronics 2013 Liu Q, Wang H, Li H, Zhang J 等 8 人

本文模拟生物嗅觉,设计了一种基于蜜蜂化学感觉蛋白(CSPs)的嗅觉生物传感器。将中华蜜蜂触角CSP Ac-ASP3固定于互指金电极上,通过阻抗谱记录其对信息素和花香配体的响应。结果显示,传感器电荷转移电阻的相对降低量与配体浓度对数在10^-7 M至10^-3 M范围内呈线性关系。为阐明分子识别机制,作者对Ac-ASP3三级结构进行同...

Synthesis, biological evaluation, and docking studies of gigantol analogs as calmodulin inhibitors.

European journal of medicinal chemistry 2011 Reyes-Ramírez A, Leyte-Lugo M, Figueroa M, Serrano-Alba T 等 6 人

为评估巨花素(gigantol, 1)类似物对 Ca2+-钙调蛋白(CaM)及 Ca2+-CaM-钙调蛋白敏感磷酸二酯酶 1(PDE1)复合物的影响,作者合成了四类结构类似物:1,2-二苯乙烷(2–11)、二苯甲烷(13–15)、1,3-二苯基丙烯酮(16–18)和 1,3-二苯基丙烷(20–22)。体外酶学研究表明,除化合物 11...

Epigallocatechin-3-gallate potently inhibits the in vitro activity of hydroxy-3-methyl-glutaryl-CoA reductase.

Journal of lipid research 2011 Cuccioloni M, Mozzicafreddo M, Spina M, Tran CN 等 7 人

羟甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR)是胆固醇合成的限速酶,因其在降胆固醇药物开发中的重要性,研究者已筛选多种可调节其活性的化合物。多酚提取物常作为他汀类药物的替代或辅助降胆固醇手段,但其作用机制尚未完全阐明。本研究对绿茶中含量最高的儿茶素表没食子儿茶素没食子酸酯(EGCG)调节 HMGR 的机制进行了详细的动力学与平衡研究。通过光谱...

Fluorescence, circular dichroism, NMR, and docking studies of the interaction of the alkaloid malbrancheamide with calmodulin.

Journal of enzyme inhibition and medicinal chemistry 2011 Figueroa M, González-Andrade M, Sosa-Peinado A, Madariaga-Mazón A 等 7 人

从真菌 Malbranchea aurantiaca 的生物碱部分,作者以较高收率分离得到新类似物 isomalbrancheamide B(3)及已知化合物 malbrancheamide(1)、isomalbrancheamide(2)和 premalbrancheamide(4)。采用酶学、荧光、圆二色、核磁共振和分子模拟方法...

Binding investigation of integrin alphavbeta3 with its inhibitors by SPR technology and molecular docking simulation.

Journal of biomolecular screening 2010 Liu Y, Pan Y, Xu Y

整合素是参与血管生成并在多种肿瘤中高表达的异二聚体细胞表面受体,其RGD识别位点是设计αvβ3抑制剂的重要结构基础。本研究采用表面等离子共振(SPR)生物传感器技术和分子对接模拟,系统考察多种环肽抑制剂与整合素αvβ3的结合特征。实验使用Biacore X100仪器和CM5芯片,通过NHS/EDC活化与氨基偶联将整合素αvβ3固定于...

表面等离子共振(SPR)生物传感器 整合素αvβ3RGD环肽分子对接抑制剂筛选

Structure-function studies on the active site of the coelenterazine-dependent luciferase from Renilla.

Protein science : a publication of the Protein Society 2008 Woo J, Howell MH, von Arnim AG

海肾荧光素酶(RLUC)是基因表达检测和体内生物传感器应用中的多功能工具,但其催化机制尚未阐明。RLUC 与 α/β 水解酶家族相关,最近同源物为细菌脱卤酶,因此具有水解酶折叠的蛋白质如何作为脱羧加氧酶发挥作用成为关键问题。本研究以 coelenterazine 对 RLUC 同源模型和晶体结构进行分子对接,提出功能残基假说,并通过...

Mechanism of inhibition of wt-dihydrofolate reductase from E. coli by tea epigallocatechin-gallate.

Proteins 2008 Spina M, Cuccioloni M, Mozzicafreddo M, Montecchia F 等 8 人

二氢叶酸还原酶(DHFR)是广泛存在于生物体中的酶,参与 DNA 合成、细胞分裂及癌症抑制等重要过程,其调控一直是结构、动力学和药理学研究的重点。此前研究表明,绿茶儿茶素是牛肝和鸡肝 DHFR 的强效抑制剂。本文报道了来自大肠杆菌的野生型 DHFR 被表没食子儿茶素没食子酸酯(EGCG)抑制的动力学结果。作者采用酶动力学、生物传感器...